新一代測序在癌癥中的臨床應用
利用新一代測序（NGS）技術，人們已經完成了多種癌癥的外顯子組測序和基因組測序，并提出了癌癥分型的新標準。以乳腺癌為例，癌癥基因組圖譜（Cancer Genome Atlas）測序了510個乳腺癌外顯子組，將其分為四個亞型：luminal A、 luminal B、HER2-enriched和basal-like。

測序所產生的信息讓醫生能夠做出更好的診斷和治療決策。在過去，乳腺癌是通過乳腺X光檢查、體檢和組織學來診斷的。BRCA1、BRCA2及其他生物標志物的發現讓遺傳學成為一個重要的考慮因素。如今，一些市售的芯片型檢測能夠根據生物標志物對乳腺癌進行更準確的分型。與診斷的改進相對應，癌癥相關基因的鑒定也促進分子靶向療法的開發，如赫賽汀，這是第一個特異針對HER2+乳腺癌的療法。

當然，研究人員和臨床醫生還面臨許多挑戰。隨著大量數據的生成，醫療保健機構需要新的策略來解釋數據。此外，由于醫療保健供應商、生物醫藥行業、保險公司以及學術研究之間存在著復雜的關系，測序普及的經濟影響還不是很清楚。【詳細內容】

大型研究為癌癥基因組分析奠定基礎
癌癥檢測新熱點：基因集合檢測
Cell發布史上最大規模乳腺癌研究成果
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液體活檢：收集腫瘤特異的指紋
如果醫生想深入了解腫瘤，他們的選擇很有限。他們可以掃描相關區域、采集組織活檢，或監控血液的標志物，如PSA或CA 125。不過，這些都不太理想：成像的分辨率不高，活檢是侵入性的，而良好的標志物是少之又少。

最理想的情況是，研究人員能通過簡單的血液檢測來實現組織活檢的敏感性和特異性。如今，液體活檢的出現，讓這一切成為可能。

腫瘤特異的指紋有兩種形式。循環腫瘤細胞（CTC）是從腫瘤上脫落的活細胞，可能代表了轉移的種子；循環腫瘤DNA（ctDNA）則是來自死細胞的遺傳物質，通常以DNA短片段的形式存在。【詳細內容】

液體活檢開啟癌癥早期診斷大門
液體活檢：無創的癌癥檢測

癌癥的伴隨診斷：NGS是否有一席之地？
在臨床試驗中，利用伴隨診斷來指導治療，可鑒定出最有可能響應特定療法的患者群體，從而改善治療反應。這些檢測不僅能指示分子靶點的存在，還能提示治療的脫靶效應，預測與藥物相關的毒性和副作用。

不過，基于NGS的檢測還未被批準用于癌癥的伴隨診斷。所有已批準的檢測包括PCR檢測、免疫組化和原位雜交技術。盡管FDA已批準Illumina的MiSeqDx測序儀用于囊性纖維化的篩查和診斷，“但將NGS用于靶向腫瘤藥物還必須克服多個挑戰，”DAKO顧問Jan TrØst JØrgensen評論道。

目前有哪些伴隨診斷已獲得批準？
QIAGEN的伴隨診斷試劑獲得FDA批準指導易瑞沙的使用

基因組學如何影響腫瘤學未來的發展？
基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。Illumina的腫瘤業務副總裁John Leite 介紹了這一領域的最新進展，以及隨著今天的研究轉化為臨床，他對未來的期望。

“癌癥通常是按照其形態來分類的，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。如今，我們的癌癥分類依據開始從形態特征轉變為更有效治療的方式，而發生的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研究。我喜歡用的一個例子是骨髓增生異常綜合征（MDS），這是白血病的一種。……基因組學正幫助我們根據遺傳標志物來定義疾病，這些標志物可能激發腫瘤惡變，可作為治療靶點。”

“我們也在評估ctDNA，以監控治療后或手術后的干預。如果我們能確定患者癌癥的單個突變克隆，我們也能監控血液中的這些相同變異。在連續治療或干預后，我們期望變異被清除，不會再次出現，因為這可能與復發相關。如果我們再次看到變異，這也許是一個早期警告信號，提示人們改變療法或以不同的方式干預。”