生物通報道 美國臨床化學協會（AACC）年會于本周在亞特蘭大召開。演講者在會上表示，基因集合（gene panel）檢測讓臨床醫生能夠將癌癥患者的疾病分類，并確定治療方案。

隨著更多的基因變異與各種形式的癌癥相關聯，更多的藥物針對那些特殊形式的疾病，醫生也需要一種方法來確定哪些患者的腫瘤含有這些突變，他們是否會受益于靶向治療。“基因集合檢測的目標是發現可行動的基因，”耶魯大學醫學院的John Howe談道。

Howe及其他演講者在研討會上表示，基于新一代測序的基因集合利用單個檢測來研究多個基因，周轉時間較快，且費用與其他分析相當。對于癌癥檢測，基因集合通常包含50-500個基因。

他們指出，許多公司都提供基因集合檢測，包括Foundation Medicine、Genoptix和ARUP，以及Illumina、Thermo Fisher、QIAGEN等，但開發內部檢測讓臨床醫生和實驗室能關注特定的基因，并快速更新集合。

演講者也介紹了他們為血液和實體腫瘤而開發的基因集合檢測。例如，Howe基于Ion Torrent PGM平臺，開發出急性髓性白血病/骨髓增生異常綜合征的基因集合。他指出，此集合包括了醫生感興趣、但商業化檢測不完全覆蓋的25個基因。

威爾康乃爾醫學院的Helen Fernandes也開發出一種小型的綜合癌癥檢測，覆蓋實體瘤的50個基因，以及一種較大型的檢測，覆蓋大約300個基因。她指出，小型檢測適用于發現某些熱點中的突變，以便指導患者的診斷和治療，而大型檢測在臨床試驗中有著更大的作用。

基因集合檢測的結果通常分為幾大類，也并不是很明確。Fernandes將結果分成三個層次。第一層是可行動的變異，具有治療、診斷或預后的意義。第二層結果是在學術研究中與癌癥相關聯，可能與臨床試驗相關。而第三層則包括與癌癥廣泛關聯的突變，如TP53突變。Howe的分類也差不多：可行動的突變、在另一種癌癥類型中發現的突變，以及意義不明的突變。

Fernandes介紹了一個77歲婦女的病例，她有兩個甲狀腺結節。基因集合檢測發現，一個結節是甲狀腺乳頭狀癌，帶有BRAF V600E突變，而另一個是濾泡性乳頭狀癌，帶有NRAS Q61R突變。她們利用Sanger測序證實了這些結果。Fernandes指出，BRAF突變與預后不良有關，而NRAS突變則不是。

此外，一名71歲男性出現一個肝臟腫塊，同時伴有腹痛、黃疸和體重減輕。基因集合檢測讓Fernandes發現了腫瘤中的三個突變，分別是IDH1 R132H突變以及TP53和KIT突變。她指出，后兩個是所謂的常客突變，而第一個通常出現在膠質瘤中。不過在數據庫搜索后，她發現這些突變在肝癌中也很常見。這位患者目前已經參加了臨床試驗，在針對IDH1治療后病情好轉。

Fernandes表示，這些例子說明了新一代測序如何應用在臨床，不過變異解釋、監管環境不確定以及報銷的問題仍然存在。（生物通 薄荷）