生物通報(bào)道：RNA測(cè)序可以檢測(cè)人類和其他生物的基因表達(dá)情況。最近這一方法在生物科學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中非常流行，而且正在逐漸走向臨床應(yīng)用。與之前的方法相比，RNA測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是便于研究選擇性剪切形成的基因異構(gòu)體或轉(zhuǎn)錄本。

那么RNA測(cè)序到底可不可靠呢？日前，由美國(guó)FDA牽頭的測(cè)序質(zhì)量控制（SEQC）項(xiàng)目對(duì)RNA測(cè)序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評(píng)估，并將初步調(diào)查結(jié)果發(fā)表在近日的Nature Biotechnology雜志上。石樂(lè)明教授是這篇文章的通訊作者之一。

研究團(tuán)隊(duì)使用RNA參照樣本，在全球多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺(tái)上進(jìn)行了檢測(cè)。（深圳華大基因、復(fù)旦大學(xué)、華東師范大學(xué)等單位參與了這一項(xiàng)目。）研究人員主要是評(píng)估RNA測(cè)序在接頭區(qū)域和差異性表達(dá)譜中的表現(xiàn)，并將其與芯片和定量PCR（qPCR）進(jìn)行比較。

研究人員發(fā)現(xiàn)，所有測(cè)序深度都會(huì)出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域，其中80%以上都得到了qPCR的驗(yàn)證。用RNA測(cè)序檢測(cè)相對(duì)表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果，但RNA測(cè)序和芯片都不能提供精確的絕對(duì)測(cè)量，而且研究用到的平臺(tái)都存在基因特異性的偏好，包括qPCR。（延伸閱讀：轉(zhuǎn)錄組研究：從芯片到RNA-Seq）

數(shù)據(jù)分析的算法也會(huì)對(duì)RNA測(cè)序產(chǎn)生很大影響，不同算法生成的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)差異很大。研究顯示，赫爾辛基大學(xué)和曼徹斯特大學(xué)開(kāi)發(fā)的BitSeq能生成最可靠的結(jié)果，這一方法以概率建模為基礎(chǔ)。

這項(xiàng)研究獲得的完整SEQC數(shù)據(jù)集擁有超過(guò)10Tb讀取，為評(píng)估RNA測(cè)序分析提供了寶貴的資源。

作者簡(jiǎn)介：

石樂(lè)明 教授，復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院藥物基因組學(xué)研究中心主任，博士生導(dǎo)師，國(guó)家特聘專家（國(guó)家“****”入選者）。

1985年湖南大學(xué)化學(xué)化工系分析化學(xué)本科畢業(yè)，理學(xué)學(xué)士；1988年中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)近代化學(xué)系計(jì)算化學(xué)研究生畢業(yè)，理學(xué)碩士；1991年中國(guó)科學(xué)院過(guò)程工程研究所（原化工冶金所）計(jì)算化學(xué)博士研究生畢業(yè)，工學(xué)博士，后留所任助理研究員（1991年）和副研究員（1993年）。1994年赴美國(guó)，先后在凱斯西儲(chǔ)大學(xué)（研究助理）、美國(guó)國(guó)立健康研究院腫瘤研究所（訪問(wèn)學(xué)者）、美國(guó)食品和藥品管理局（FDA）、美國(guó)家用（惠氏）及巴斯夫等機(jī)構(gòu)和公司任（資深）研究科學(xué)家職務(wù)。2001年作為原創(chuàng)人之一加入深圳微芯生物科技有限責(zé)任公司，任信息學(xué)部主任，負(fù)責(zé)計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)并參與創(chuàng)建了基于化學(xué)基因組學(xué)的創(chuàng)新藥物研發(fā)和篩選平臺(tái)。2003年作為資深研究員重新加入美國(guó)FDA，為阿肯色醫(yī)科大學(xué)兼職研究教授，其研究成果為FDA制定藥物基因組學(xué)的指南文件提供了科學(xué)依據(jù)； 2011年加入復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院，創(chuàng)建藥物基因組學(xué)研究中心。一直從事化學(xué)信息學(xué)、生物信息學(xué)、藥物基因組學(xué)和個(gè)體化用藥等方面的研究工作，發(fā)表學(xué)術(shù)論文150多篇（其中8篇發(fā)表于Nature Biotechnology）；獲4項(xiàng)創(chuàng)新藥物化合物美國(guó)專利授權(quán)，其中兩個(gè)化合物已進(jìn)入中國(guó)I/II/III期臨床試驗(yàn)，一個(gè)化合物進(jìn)入美國(guó)I期臨床試驗(yàn)。擔(dān)任Expert Reviews of Molecular Diagnostics和BMC Research Notes編委。

生物通編輯：葉予

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A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium