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    生物通首頁 > 今日動態 > 專題總匯 > 第三代測序系統PacBio RS

    今年4月,美國Pacific Biosciences 公司正式發售第三代測序系統—PacBio RS。這是一臺革命性的DNA測序系統,它融合了新穎的單分子測序技術和高級的分析技術,在測序歷史上首次實現了人類觀測單個DNA聚合酶合成過程的夢想。它有著其他系統無法比擬的序列讀長,高達3000 bp!

    Pacific將會在明年初正式發布新版本C2試劑。我想,大家除了被其長讀長所吸引之外,也肯定很關心PacBio RS的準確性、速度、可擴展性和費用,以及它會在目前呈三國鼎立之勢的測序市場中扮演什么樣的角色。為此,生物通特邀了PacBio RS中國代理——基因有限公司專門負責PacBio的技術專家,就大家普遍關心的這些問題進行了比較深入的探討。



    生物通對話基因有限公司專門負責PacBio的技術專家:

     

    關于讀長

    “如果把拼接工作看作是在做拼圖游戲。NGS獲得的讀長都很短,就好象把一幅圖打成非常小的碎片,然后做拼圖。由于碎片太小,因此許多碎片看起來都差不多,這樣要拼出一副完整的圖難度很大。PacBio RS

     

    關于準確性

    “PacBio平臺上目前的錯誤主要是插入和缺失,只有大概1%是substitution。缺失錯誤源自于有時候堿基摻入速度過快,超過了PacBio相機的拍攝幀數。插入錯誤源自于有的時候酶隨機的選擇一些堿基,但并未將這些堿基真的摻入

    目前可以獲得1300bp的平均讀長,明年初隨著試劑升級,平均讀長可提升至2500-3000bp,這就相當于同樣的一幅圖,用大的碎片來做拼圖,由于大碎片比小碎片的識別度要高,因此完成拼圖的難度就可以大幅降低。”詳情

    關于速度和運行通量

    “目前PacBio上所使用的DNA聚合酶的合成速度大概是1-3個堿基/秒,由于在該平臺上,聚合酶合成的過程就是序列解讀的過程,這意味著測序速度每分鐘可超過100個堿基。從樣品制備到獲得堿基序列的全部流程可在1天內完成。”

    “如果使用C2試劑,每個SMRT cell可以獲得90M 的可定位數據。現階段每天最多可運行12個SMRT cell,因此每天可獲得的數據是12×90=1080Mb”詳情

    “我們的重點之一是de novo測序。對于de novo測序,我們之前不了解其基因組——如宏基因組環境、真菌、植物等——長讀取確實是一個優勢,因此PacBio的確有幫助。”
    Eddy Rubin
    美國能源部聯合基因組研究所主管
    合成鏈中。由于這些錯誤是隨機的,因而可以隨著測序覆蓋深度的增加而消除。因此,盡管PacBio的單分子單次讀取的原始準確度并不非常高,但隨著測序覆蓋深度的增加,它可以獲得比NGS平臺更高的一致性準確度。”詳情

    關于價格和市場

    “你不能只看單價,或者單次運行的成本,因為不是運行結束,軟件自動出來的結果就可以打印發表。如果考慮到長讀取的優勢和在數據拼接上能節省的時間和費用,PacBio RS有其他方法不可比擬的優勢。關鍵是它是否能滿足你的需要,幫助你快人一步達到目標。”

    “現階段PacBio平臺和NGS平臺更多的是一種互為補充的關系,NGS可以獲得更多的數據量,而PacBio可以獲得更多的信息量。”詳情





          單分子實時(SMRT)測序技術 


    原理

    眾所周知,天然的DNA復制本身就是一個非常高效且準確的過程。真核生物DNA復制的速度達幾十個核苷酸/秒。若能以這樣的神速測序,那可比Sanger測序快了幾萬倍。然而,知易行難。如何在不影響聚合酶活性的前提下實時觀察DNA合成,這可是個棘手的問題。要知道,DNA聚合酶的直徑只有15 nm。而且,這是一個涉及酶學、表面化學和檢測光學的多學科難題。讓我們來看看Pacific Biosciences的創始人如何克服三大挑戰,開發出PacBio RS。詳情

    重大升級

    PacBioRS新版本的C2試劑將在今年年底或明年年初正式發布,C2試劑可使該系統的平均讀長從現在的1300bp提升至2700bp!這是單分子實時測序技術的重大飛躍,有望一掃新一代測序之讀長太短數據處理量太大的弊病。一天內可以完成從樣品制備到完成測序并獲得序列信息的全過程,很有希望實現便宜的個人基因組測序。詳情



          PacBio RS的應用 


    甲基化分析

    甲基化研究如今開展得如火如荼。除了人們熟知的5-mC,另一種修飾方式——5-mC的羥基化形式5-hmC也引起人們注意。但現有的測序方法如

     

    高GC含量區域測序

    美國加州大學戴維斯分校醫學院利用單分子實時測序技術,對脆性X染色體綜合征的關鍵基因FMR1中的CGG三核苷酸重復區域進行了測序。

    亞硫酸氫鹽測序,無法區分5-mC和5-hmC。美國芝加哥大學利用第三代單分子SMRT測序技術和5-hmC的選擇性化學標記方法來高通量檢測5-hmC。通過聚合酶動力學帶來的寶貴信息,研究人員可直接檢測DNA甲基化,包括N6-甲基腺嘌呤、5-mC和5-hmC。詳情

    病原微生物鑒定

    由于PacBio從樣本制備到獲得序列信息所需時間非常短(<1天),在具有時效性的病原微生物鑒定中(例如生物反恐、流行病爆發監控等)也非常有優勢。一個國際小組利用Pacific Biosciences的單分子測序技術,深入研究了歐洲大腸桿菌菌株的致病性和進化起源,該研究成果發表在《新英格蘭醫學雜志》上。詳情

    “SMRT技術的突出特點是我們不僅能夠了解DNA如何合成,還能通過它產生的數據定量分析基因調控、RNA功能、表觀遺傳調控、DNA修飾和基因組結構。”

    Nikolaus Rajewsky教授
    柏林Max Delbruck分子醫學中心

    一般CGG重復在200次以上,被認為是具有臨床意義的,但這個長度不管對于Sanger法測序或者新一代測序來說,都是很困難的,而PacBio則很好的解決了這個問題。詳情



    稀有突變檢測

    二代測序檢測的是經過 PCR 擴增后的大量分子的總信號,一方面 PCR 擴增過程中的錯配等,會變成系統誤差影響最終的測序結果。另一方面,稀有變異在擴增過程中,很容易被淹沒在群體中而無法被檢出。 PacBio無需擴增、對每一個單分子模板都進行評估,對于混合群體中低至 1/100的稀有突變都可以檢出。詳情



          公司動態 


    德國總理默克爾親自啟動第三代測序儀
    美國能源部聯合基因組實驗室購入PacBio取代454
    PacBio正式發售第三代測序儀
    Pacific Biosciences:測序儀上市前的最后沖刺




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