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如何實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體檢測?
【字體: 大 中 小 】 時(shí)間:2022年12月08日 來源:
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PacBio推出的MAS-Seq for 10x Single Cell 3'試劑盒提供了一種端到端解決方案,可用于從樣品制備到生物信息學(xué)分析的單細(xì)胞RNA異構(gòu)體測序。MAS-Seq文庫與常規(guī)單細(xì)胞Iso-Seq文庫相比,可使通量提高16倍。
單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq) 能夠表征源自復(fù)雜組織的單個(gè)細(xì)胞之間的基因表達(dá)差異,提供更高分辨率的轉(zhuǎn)錄組信息。大多數(shù)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)都是使用短讀長完成的,由于文庫必須片段化,所以短讀長測序只能捕獲分子的各端,測序數(shù)據(jù)只能在基因水平上提供表達(dá)信息,缺少可能對(duì)疾病或生物功能十分關(guān)鍵的重要異構(gòu)體多樣性信息。而其他長讀長技術(shù)識(shí)別唯一分子標(biāo)簽 (UMI) 和細(xì)胞條形碼 (CBC) 的準(zhǔn)確率不夠。HiFi測序技術(shù)的出現(xiàn)不僅能對(duì)全長RNA異構(gòu)體進(jìn)行測序,還能識(shí)別單細(xì)胞條形碼和UMI信息,在單細(xì)胞水平上揭示異構(gòu)體多樣性,讓我們以全新方式深入了解單細(xì)胞生物學(xué)。
PacBio推出的MAS-Seq for 10x Single Cell 3'試劑盒處理單細(xì)胞cDNA可以得到一個(gè)可用于HiFi測序的文庫,您可以實(shí)現(xiàn):
▪ 與常規(guī)單細(xì)胞Iso-Seq文庫相比,MAS-Seq文庫可使通量提高16倍。
▪ 從基因表達(dá)到獲得全長isoform信息
▪ 在單細(xì)胞水平上揭示RNA異構(gòu)體多樣性
▪ 揭示細(xì)胞類型特異性isoform和表達(dá)差異
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