就像膠卷能夠及時(shí)定格我們生活中的美好瞬間一樣，福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）的組織讓我們能夠保存寶貴的生物樣本。據(jù)估計(jì)，全球有超過(guò)10億個(gè)組織樣本被保存在醫(yī)院和生物樣本庫(kù)中，等待著蘊(yùn)藏于其中的生物學(xué)秘密被揭開，而其中大多數(shù)都是以FFPE形式儲(chǔ)存的。

自100多年前首次被發(fā)現(xiàn)以來(lái)，F(xiàn)FPE組織已成為重要資源，有助于人們研究疾病過(guò)程以及診斷和治療多種疾病。例如，在腫瘤學(xué)中，研究人員和醫(yī)生依靠FFPE組織來(lái)檢測(cè)癌基因，并尋找和追蹤腫瘤形態(tài)隨時(shí)間的變化。在病理學(xué)中，F(xiàn)FPE是標(biāo)本收集和保存的標(biāo)準(zhǔn)方法，這些樣本被病理學(xué)家用于確定FFPE切片上疾病的可視化特征，通常這些樣本都與有價(jià)值的臨床數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)，如患者信息記錄、使用的藥物，甚至臨床結(jié)果。

盡管FFPE處理對(duì)生命科學(xué)研究來(lái)說(shuō)是革命性的，但這種處理方式會(huì)破壞RNA分子，讓轉(zhuǎn)錄組學(xué)水平的研究復(fù)雜化，因此成為阻礙科研及臨床研究者進(jìn)一步探索這類樣本中蘊(yùn)含的寶貴信息的主要因素。在今年剛剛結(jié)束的AGBT大會(huì)上，10x Genomics首次宣布了在單細(xì)胞及空間維度針對(duì)FFPE樣本的全新解決方案，同時(shí)也成為目前市面上首家有望同時(shí)提供商品化的單細(xì)胞及空間FFPE解決方案的廠家。

10x Genomics單細(xì)胞FFPE解決方案

我們這里介紹的是在剛剛結(jié)束的AGBT大會(huì)上展示的初步數(shù)據(jù)。將一塊浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌的FFPE組織進(jìn)行切割后，用手工解離和酶消化相結(jié)合的方法將其解離成懸液，然后使用10x Genomics今年最新推出的Fixed-RNA Profiling試劑盒的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)方案，進(jìn)行樣本固定后進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。通過(guò)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，得到了13種細(xì)胞類型（含1種未知細(xì)胞類型），我們很高興地看到，從該FFPE樣本中也檢測(cè)到了很多免疫細(xì)胞。

浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌FFPE組織的單細(xì)胞分析

通過(guò)標(biāo)志基因的表達(dá)情況，還能夠看到細(xì)胞增殖以及耗竭性T細(xì)胞

浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌是乳腺癌最常見(jiàn)的病理類型。乳腺癌是由多種異型性病變組成的一大類疾病的集合體，雖然都命名為乳腺癌，但這些病變的異常分子、癌細(xì)胞構(gòu)成以及臨床轉(zhuǎn)歸都各不相同，因此使乳腺癌的腫瘤分類更顯特別。經(jīng)過(guò)不斷的改進(jìn)及演變，目前多基因預(yù)測(cè)成為了乳腺癌分型的一個(gè)新途徑，但傳統(tǒng)方法通常是基于bulk水平根據(jù)基因特征（gene signature）對(duì)癌癥進(jìn)行分類�，F(xiàn)在有了單細(xì)胞FFPE解決方案，我們可以將基因特征應(yīng)用于該數(shù)據(jù)集中的每種細(xì)胞簇，下圖展示了將每個(gè)細(xì)胞簇與PAM50基因特征相關(guān)聯(lián)。

結(jié)果顯示，實(shí)際上只有一個(gè)編號(hào)為17的細(xì)胞簇與癌癥亞型顯示出強(qiáng)相關(guān)性，而其他細(xì)胞簇與正常特征相關(guān)。之前有文獻(xiàn)對(duì)新鮮樣品進(jìn)行過(guò)此類分析，但在FFPE數(shù)據(jù)上發(fā)現(xiàn)這一點(diǎn)，可以使研究人員解鎖大量?jī)?chǔ)存在醫(yī)院以及生物樣本庫(kù)中的FFPE樣本上的寶貴信息，為研究疾病進(jìn)程增加一個(gè)全新的信息軸！

基于CytAssist的全新空間FFPE解決方案

FFPE組織塊的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)分析可以幫助我們解決哪些挑戰(zhàn)，取得哪些突破？我們就此采訪了一些頂尖的轉(zhuǎn)化研究人員。讓我們一起看看他們的回答：

這是一種全基因組范圍的技術(shù)。我能夠同時(shí)查看所有東西。因此我認(rèn)為，它不僅適用于癌癥領(lǐng)域，也適用于復(fù)雜疾病的研究。

——約翰霍普金斯大學(xué)腫瘤學(xué)講師 Luciane Kagohara

在我看來(lái)，這是一種領(lǐng)先的技術(shù)。它能夠真正幫助我們進(jìn)一步改善療法，確定在患者身上測(cè)試的新療法，并推動(dòng)精準(zhǔn)腫瘤學(xué)，這真的是特異性針對(duì)患者的。

——約翰霍普金斯大學(xué)Sidney Kimmel癌癥中心副主任 Elizabeth Jaffee

通過(guò)在FFPE樣本上使用Visium技術(shù)，我們?nèi)缃裾娴哪軌蚪怄i大量的遺留數(shù)據(jù)。我可以回顧過(guò)去失敗的每一個(gè)試驗(yàn)，試著去理解它為什么沒(méi)有成功，看看我們是否可以發(fā)現(xiàn)新的治療機(jī)制。這太令人興奮了。

——約翰霍普金斯大學(xué)定量科學(xué)研究項(xiàng)目助理主任 Elana Fertig

基于CytAssist的Visium FFPE空間解決方案的主要優(yōu)勢(shì)：

◇ 解鎖更多樣本類型。您可以把標(biāo)準(zhǔn)載玻片上的預(yù)切片組織、存檔的蓋玻片樣本或新切切片中的分析物轉(zhuǎn)移到Visium空間玻片上，進(jìn)一步擴(kuò)展了兼容的樣本類型。

◇ 解決選片困擾。之前選擇哪一張切片進(jìn)行空間分析一直是大家覺(jué)得有挑戰(zhàn)的地方，有了CytAssist，您可以通過(guò)H&E或免疫熒光染色確定要分析的正確切片，然后再用CytAssist進(jìn)行分析物轉(zhuǎn)移，極大的避免了之前的風(fēng)險(xiǎn)，能夠準(zhǔn)確地選擇想要使用Visium分析的切片。

◇ 同一張組織切片上可以進(jìn)行H&E或免疫熒光染色+空間基因表達(dá)分析。

◇ 更靈活的反應(yīng)面積。您可以選擇使用6.5x6.5 mm 或11x11mm的反應(yīng)區(qū)域來(lái)對(duì)樣本進(jìn)行分析。

更多信息請(qǐng)參考Visium CytAssist的彩頁(yè)