對(duì)于基因表達(dá)研究來(lái)說(shuō)，空間一直都是具有挑戰(zhàn)性的前沿領(lǐng)域。空間基因表達(dá)對(duì)于理解組織中細(xì)胞的身份和功能至關(guān)重要，但常規(guī)的工具無(wú)法有效地捕獲這些信息。因此，細(xì)胞機(jī)制中的一些重要細(xì)節(jié)在研究過(guò)程中丟失了。近兩年，空間基因組學(xué)和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)快速發(fā)展，出現(xiàn)了不少新工具。

NanoString生物公司的GeoMx 數(shù)字化空間分析系統(tǒng)（GeoMx Digital Spatial Profiler）將空間和分子分析技術(shù)相結(jié)合，能夠以單細(xì)胞分辨率生成組織圖像，同時(shí)生成RNA或蛋白分析物的分析數(shù)據(jù)。這種高通量的空間多組學(xué)分析讓研究人員能夠快速評(píng)估組織樣本中的細(xì)胞異質(zhì)性。

GeoMx Digital Spatial Profiler采用獨(dú)家專利技術(shù)在抗體或者RNA上偶聯(lián)DNA Oligo。每個(gè)DNA Oligo對(duì)應(yīng)一個(gè)靶標(biāo)。當(dāng)抗體或RNA與組織上的靶標(biāo)結(jié)合后，GeoMx Digital Spatial Profiler利用紫外光切斷DNA oligo與抗體或RNA之間的連接物，從而釋放出DNA Oligo以進(jìn)行下一步定量。

多靶標(biāo)

GeoMx Digital Spatial Profiler一天之內(nèi)可處理多達(dá)12塊組織切片。它能夠?qū)Ω�多靶�?biāo)（> 20,000個(gè)）和更多分析物（RNA和蛋白）進(jìn)行分析，從而讓您更快獲得可發(fā)表的數(shù)據(jù)。

多區(qū)域

在保留組織樣本完整性的情況下，GeoMx Digital Spatial Profiler可允許使用者在單張載玻片上根據(jù)組織輪廓選擇感興趣的區(qū)域（Region Of Interest），甚至選取稀有細(xì)胞群體進(jìn)行分析。選擇模式是多種多樣的，可根據(jù)形狀或標(biāo)志物等。

多樣本

與新鮮冷凍切片兼容，也與福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本兼容，同時(shí)也允許使用組織芯片（TMA）。這樣，您的研究不再受樣本類型的限制，可以開展更廣泛的研究。

自動(dòng)化的工作流程

應(yīng)用

不久前有兩項(xiàng)使用GeoMx Digital Spatial Profiler的研究發(fā)表在《Nature》雜志上。MD安德森癌癥中心的Jennifer Wargo團(tuán)隊(duì)和瑞典隆德大學(xué)的Göran Jönsson團(tuán)隊(duì)分別用GeoMx DSP證明了三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)（Teritiary Lymphoid Structure）在腫瘤免疫反應(yīng)中起到重要作用。三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)是在慢性炎癥和腫瘤發(fā)生過(guò)程中在非淋巴組織上形成的異位淋巴器官，其結(jié)構(gòu)和功能類似于淋巴結(jié)和脾臟等二級(jí)淋巴器官。

此外，兩個(gè)團(tuán)隊(duì)都通過(guò)空間多組學(xué)技術(shù)，提供了基于三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)的新型分子標(biāo)志物，并對(duì)過(guò)往大量的黑色素瘤臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，為三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)的密度和病人生存期的關(guān)系提供了強(qiáng)而有力的證據(jù)。