長鏈非編碼RNA-BHLHE40-AS1，侵入性乳腺癌分子標(biāo)志物 2015，Cancer Research 8.556 
The long noncoding RNA BHLHE40-AS1 as a functional biomarker of invasive breast cancer

過去30年來，越來越多地強調(diào)乳腺癌篩查，導(dǎo)致癌前癌原位癌（DCIS）的診斷急劇增加。不幸的是，晚期侵入性和轉(zhuǎn)移性疾病的診斷沒有成比例地下降，這提示了過度診斷和過度治療無害的DCIS。由于缺乏生物標(biāo)志物，DCIS病變的異質(zhì)性和對侵入性進展機制的了解不足，目前尚無臨床相關(guān)的“預(yù)測哪些DCIS病變將進入侵入性癌癥”的方法。因此，所有的DCIS患者都經(jīng)歷了積極的治療方案以預(yù)防疾病進展。因此，迫切需要確定驅(qū)動乳腺癌進展的基本機制，以更好地告知患者治療方案，并提名治療侵襲性疾病的新型治療切入點。

最近，長的非編碼RNA（lncRNA）已經(jīng)作為表觀遺傳狀態(tài)和基因表達(dá)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)劑而受到關(guān)注。雖然lncRNA的研究還處于起步階段，但它們作為發(fā)展和腫瘤發(fā)生的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子已被發(fā)現(xiàn)，因此它們是乳腺癌進展的潛在驅(qū)動因素的豐富來源。我們設(shè)想lncRNAs可能在功能上驅(qū)動乳腺癌浸潤，其表達(dá)可能可以用于區(qū)分無害和潛在侵入性DCIS。

通過對一連串DCIS和浸潤性乳腺癌病變的婦女的活組織檢查，我們確定了一組在侵入性活檢樣品中集中的長非編碼RNA（lncRNA）的隊列。從這個隊列中我們已經(jīng)確定了lncRNA BHLHE40-AS1在乳腺癌進展系列中逐步增加，從正常的，未轉(zhuǎn)化的細(xì)胞升高到高侵襲性疾病。初步證據(jù)表明，BHLHE40-AS1表達(dá)調(diào)節(jié)體外侵襲潛能。使用GeneChip®人體轉(zhuǎn)錄組2.0陣列（HTA），我們已經(jīng)確定了以前與驅(qū)動乳腺癌侵襲相關(guān)的幾個靶標(biāo)，可能受到BHLHE40-AS1的調(diào)控。未來發(fā)展方向?qū)⒅�重于確定BHLHE40-AS1表達(dá)對原位異種移植模型中腫瘤細(xì)胞侵襲的影響，機械闡述其功能，并確定BHLHE40-AS1作為侵襲性乳腺癌臨床相關(guān)生物標(biāo)志物的效用。

子宮腺肌癥中在位內(nèi)膜異常表達(dá)的長非編碼RNA研究 2016，European Journal of Obstetrics & Gynecology and Reproductive Biology 影響因子9.826 
Aberrantly expressed long noncoding RNAs in the eutopic endometria of patients with uterine adenomyosis 
子宮腺肌癥是一種常見的婦科疾病。子宮內(nèi)膜異位癥的改變可能在子宮腺肌癥的發(fā)病機制中起重要作用。長非編碼RNA（lncRNA）代表基因表達(dá)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。我們的目標(biāo)是在全基因組范圍內(nèi)鑒別子宮內(nèi)膜異位癥患者的特應(yīng)性子宮內(nèi)膜中識別差異表達(dá)長的非編碼RNA和信使RNA（mRNA）。

方法 通過Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0檢測子宮腺肌癥患者和正常對照組患者的子宮內(nèi)膜中l(wèi)ncRNAs和mRNA的表達(dá)水平。進行生物信息學(xué)分析進一步調(diào)查。隨機選擇三個上調(diào)和三個下調(diào)的lncRNA進行定量實時聚合酶鏈反應(yīng)驗證。

結(jié)果 在子宮腺肌癥患者的特應(yīng)性子宮內(nèi)膜中共有165個lncRNA和612個mRNA異常表達(dá)。通路分析表明，40條通路對應(yīng)于上調(diào)的轉(zhuǎn)錄物，39條通路對應(yīng)于下調(diào)的轉(zhuǎn)錄物。通過比較共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)之間的差異，可以產(chǎn)生可能在子宮腺肌癥發(fā)病機制中發(fā)揮作用的基因列表。六種選擇的lncRNA的表達(dá)通過定量實時聚合酶鏈反應(yīng)驗證。

結(jié)論 這項研究首次顯示，在具有子宮腺肌癥的婦女中，lncRNA表達(dá)譜發(fā)生改變，為進一步機械研究提供了新的生物學(xué)基礎(chǔ)。

結(jié)直腸腺瘤-癌序列中長鏈非編碼RNA的表達(dá)研究 2016，Cancer Research 影響因子8.556 
Key tumor growth controlling long non-coding RNA (lncRNA) expression alterations in the colorectal adenoma-carcinoma sequence

背景：長的非編碼RNA可能在結(jié)腸直腸癌（CRC）發(fā)展中起作用，然而，結(jié)直腸腺瘤-癌癥發(fā)展進程（C-ACS）中的lncRNA表達(dá)譜及其與復(fù)雜表觀遺傳調(diào)控系統(tǒng)的關(guān)系仍然不完整。

目的：我們在全基因組lncRNA表達(dá)譜范圍內(nèi)針對C-ACS的上下游表觀遺傳學(xué)分析，以探索異常表達(dá)的lncRNA的潛在機制和后果。

材料與方法：用Human Transcriptome Array（HTC）2.0（Affymetrix）對60例結(jié)腸活檢標(biāo)本（20例CRC，20例腺瘤，20例正常）分析其lncRNA表達(dá)水平。使用Expression Console和Transcriptome Analysis Console進行數(shù)據(jù)分析。通過HGU133 Plus 2.0陣列數(shù)據(jù)和qRT-PCR驗證了一些候選目標(biāo)的表達(dá)。通過甲基捕獲測序研究了lncRNA啟動子區(qū)的DNA甲基化狀態(tài)。使用miRCODE算法預(yù)測lncRNA的miRNA靶標(biāo)，并使用GeneChip miRNA 3.0 Array分析miRNA表達(dá)。基于上述全基因組表達(dá)陣列來評價在相應(yīng)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中mRNA表達(dá)變化。

結(jié)果：根據(jù)HTA結(jié)果，分析全基因組水平的40.914非編碼轉(zhuǎn)錄本，腺癌12個lncRNA（如CCAT1，LINC00278）顯著上調(diào)，6個lncRNA（如FLJ22763，RP11.747D18.1）與健康對照相比下調(diào)，而在CRC樣本中，與腺瘤相比，lncRNA（UCA1）被過表達(dá)，8個lncRNA（例如LINC00350，LINC00261）未表達(dá)（p <0.05;-2≥Fold變化≥2）。在CRC樣品中，與正常對照相比，8個lncRNA（例如MACC1，AC123023.1）被上調(diào)，11個lncRNA（例如RP13-497K6.1）被下調(diào)。此外，在CRC樣本中上調(diào)的42％的lncRNA在腺瘤樣品中已經(jīng)顯示出顯著升高的表達(dá)（p <0.05）（例如LINC350，CCAT1被上調(diào)，LINC01133，F(xiàn)LJ22763與健康對照相比下調(diào)）。啟動子DNA甲基化與C-ACS（例如CCAT1）的lncRNA表達(dá)呈反比。根據(jù)腫瘤中異常的lncRNA表達(dá)，miRNA和mRNA靶標(biāo)的表達(dá)顯示出系統(tǒng)的改變，例如UCA1在CRC樣品中上調(diào)與miR-1下調(diào)并伴有MET原癌基因靶mRNA過表達(dá)（p <0.05）。

結(jié)論：定義的lncRNA組（包括MACC1，CCAT1，UCA1）在結(jié)腸直腸腺瘤發(fā)育和腫瘤細(xì)胞生長途徑中具有中樞調(diào)節(jié)作用。使用整個基因組陣列技術(shù)證實了潛在的DNA甲基化變化和miRNA和mRNA靶標(biāo)表達(dá)改變。鑒定的lncRNA候選組可作為早期診斷生物標(biāo)志物和作為CRC的潛在治療分子靶標(biāo)進一步研究。

幽門螺旋桿菌感染后胃癌細(xì)胞長鏈非編碼RNA表達(dá)研究 2015，BMC Medical Genomics 影響因子2.726 
Microarray analysis of Long non-coding RNA expression profiles in human gastric cells and tissues with Helicobacter pylori Infection
背景：幽門螺桿菌（幽門螺桿菌）是主要的胃腸道病原體，但幽門螺桿菌相關(guān)疾病的遺傳和分子機制尚未完全闡明。長非編碼RNA（lncRNA）已經(jīng)在真核細(xì)胞中被鑒定，其中許多在調(diào)節(jié)生物學(xué)過程和發(fā)病機制中起重要作用。然而，人感染幽門螺桿菌后的lncRNAs表達(dá)變化很少報道。本研究旨在鑒定感染幽門螺桿菌后人胃上皮細(xì)胞和組織中的失調(diào)的lncRNA變化。

方法：用Human Transcriptome Array 2.0 (HTA 2.0; Affymetrix)分析感染或沒有感染幽門螺桿菌的GES-1細(xì)胞中l(wèi)ncRNA和mRNA的異常表達(dá)譜。通過qRT-PCR驗證目標(biāo)lncRNA的表達(dá)變化，以確認(rèn)細(xì)胞和臨床標(biāo)本中的微陣列數(shù)據(jù)。我們根據(jù)特異性表達(dá)的lncRNA或mRNA的歸一化信號強度構(gòu)建了lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，以鑒定mRNA和lncRNA之間的相互作用。并進行基因本體（GO）和異常表達(dá)的mRNA的KEGG途徑分析，以識別相關(guān)的生物學(xué)功能和病理學(xué)途徑。

結(jié)果：微陣列分析結(jié)果表明，幽門螺桿菌感染后，GES-1中有303個獨特的lncRNA被誘導(dǎo)或抑制，其中56.4％（171個lncRNA）被抑制，43.6％（132個lncRNA）被誘導(dǎo) ≥2或≤0.5，P <0.05）。 n335470（11.48倍變化）是最顯著的上調(diào)的lncRNA，NR_002763（CPS1-IT1，0.075倍變化）是最顯著的下調(diào)的lncRNA。對于mRNA，表達(dá)譜分析數(shù)據(jù)顯示，與對照模型相比，幽門螺桿菌感染模型中1936個mRNAs中共有565個異常表達(dá)的mRNA（變化倍數(shù)≥2或≤0.5，P <0.05），其中49.2 ％（278個mRNA）上調(diào)，50.8％（287個mRNA）下調(diào)。 在這些mRNA中，IGFBP1（12倍變化）顯示最高程度的上調(diào)，而MUC13（0.11倍變化）是最下調(diào)的蛋白質(zhì)編碼基因。

LncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)顯示可能在幽門螺桿菌相關(guān)發(fā)病機制中起重要作用的核心lncRNA / mRNA。GO和KEGG分析表明幽門螺桿菌感染異常表達(dá)的mRNA的功能與炎癥和致癌作用密切相關(guān)。 QRT-PCR數(shù)據(jù)證實了其表達(dá)模式。

在不同細(xì)胞模型（SGC-7901和BGC-823）中檢測到的異常表達(dá)的lncRNA的結(jié)果之間存在差異。 SGC-7901和BGC-823細(xì)胞系來自人胃腺癌;它們對幽門螺桿菌的細(xì)胞反應(yīng)與正常胃粘膜上皮細(xì)胞中的反應(yīng)非常不同。因此我們得出結(jié)論，這兩種癌細(xì)胞系的lncRNA表達(dá)譜也有很大的不同。與陰性標(biāo)本相比，67個幽門螺桿菌陽性粘膜標(biāo)本中的lncRNAs，n345630，XLOC_004787，n378726和LINC00473顯示出下調(diào)。已有報道在胃癌中LINC00152表達(dá)的增加，并且涉及細(xì)胞增殖。起初我們認(rèn)為LINC00152可能涉及幽門螺桿菌相關(guān)消化性疾病的發(fā)病機制，并確認(rèn)幽門螺桿菌感染細(xì)胞中LINC00152表達(dá)模式的qRT-PCR驗證與微陣列數(shù)據(jù)（2.11倍變化）一致。然而，在胃粘膜組織中，我們發(fā)現(xiàn)反向表達(dá)模式（P <0.001）超出預(yù)期。

結(jié)論 我們的研究提供了幽門螺旋桿菌感染細(xì)胞中l(wèi)ncRNAs微陣列表達(dá)譜的初步探索，確定了幽門螺桿菌感染模型和胃粘膜組織中異常表達(dá)的lncRNA的子集。這些失調(diào)的lncRNA可能有助于對幽門螺桿菌相關(guān)疾病和疾病的病理反應(yīng)和發(fā)展的研究。這將擴大我們對發(fā)病機理的理解，并為幽門螺桿菌感染的診斷和治療提供新的方法。

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