生物通報道：CRISPR-Cas9原本是細菌在漫長的進化史中演化出的重要防御機制。規律成簇的間隔短回文重復CRISPR與內切酶Cas9的組合，可以在引導RNA的指引下，靶標并切割入侵者的遺傳物質。 2012年研究者們利用這一特點，將CRISPR系統發展成了強大的基因組編輯工具。現在CRISPR-Cas9基因組編輯系統的應用延伸到了基因敲除、刪除、染色體重排、RNA編輯、全基因組篩選等眾多領域。

在CRISPR系統的基礎上使用sgRNA文庫進行遺傳篩選，是鑒定基因調控子的一種有效方法。研究者們可以通過CRISPR篩選在基因組非編碼區域中尋找功能性元件。不過這樣的應用需要高度覆蓋又簡單實用的自定義sgRNA文庫。

耶魯大學醫學院的研究人員開發了一個名為Molecular Chipper的新技術。該技術能夠針對指定基因組區域生成密集覆蓋的sgRNA文庫。這項研究發表在三月三十日的Nature Communications雜志上，文章通訊作者是耶魯大學醫學院的Jun Lu副教授和Jijun Cheng博士。Jijun Cheng博士本科畢業于武漢大學，之后獲得中國海洋大學的碩士學位，2000年在肯塔基大學獲博士學位。

Molecular Chipper方法將隨機片段化與III類限制性內切酶的組合起來，從DNA生成密集覆蓋的sgRNA文庫。研究人員用這一方法鑒定了對miR-142生成至關重要的區域，包括pre-miR-142區域和兩個新順式調控區域。研究指出，這種方法可以用于哺乳動物基因組，鑒定功能性的非編碼元件。

美國麻省理工的研究人員最近在美國國家科學院院刊PNAS雜志上發布了多重條碼的CRISPR-Cas9篩選平臺。該平臺結合了CRISPR-Cas9和CombiGEM技術，能夠在人類細胞中對帶條碼的基因擾動組合進行大規模平行篩選，在醫學研究中有著廣泛的應用前景。領導這項研究的盧冠達(Timothy Lu)博士是MIT生物工程、電子工程及計算機科學系的副教授，這位青年科學家曾被麻省理工的百年期刊《技術評論》評為世界青年科技創新家。（更多詳細信息參見：華人學者PNAS發表CRISPR新技術）

盧冠達博士去年七月還在Molecular Cell雜志上發表文章，介紹了一個以CRISPR-Cas9為基礎的基因組靶向技術，CRISPR-Display (CRISP-Disp)。這一技術是John Rinn博士開發的，能將大片段的非編碼RNA送到指定基因組位點。研究人員摸索出的gRNA-ncRNA融合方法，能將非編碼RNA帶到特定DNA位點，同時不影響dCas9的功能和活性。盧冠達認為，這個系統在合成生物學和非編碼RNA機理研究中具有非常大的應用潛力。（更多詳細信息參見：盧冠達博士：用CRISPR揭示非編碼RNA的秘密）

CRISPR激活（CRISPRa）和CRISPR抑制（CRISPRi）特別適合分析非編碼RNA的具體功能。前不久，The Scientist雜志聯合CRISPR的開發者和使用者共同編寫了使用CRISPRa和CRISPRi的入門指南，幫助研究者們更好的研究和調節基因組的編碼和非編碼區域。（更多詳細信息參見：CRISPR功能研究入門指南（非編碼RNA））

生物通編輯：葉予

生物通推薦原文：A Molecular Chipper technology for CRISPR sgRNA library generation and functional mapping of noncoding regions