ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種同時分析lncRNA、蛋白及DNA三者互作關系的實驗方法。利用lncRNA ChIRP probe可用于在全基因范圍內(nèi)定位lncRNA的結合位點和可能結合的其他RNA分子；結合蛋白質組學技術，可以鑒定lncRNA在染色質水平所結合的蛋白質。銳博生物結合自身優(yōu)勢，特向廣大用戶推出Ribo™ lncRNA ChIRP Probe，以加速實驗研究進展。

產(chǎn)品特點：
• lncRNA全鏈覆蓋探針設計，不受RNA復雜結構約束
• 超多位點設計探針，特異性捕捉目的lncRNA結合位點
• 自行混合Probe Pool，實現(xiàn)多種實驗參照組合

經(jīng)典ChIRP Probe設計及實驗原則：

針對每個特定的lncRNA分子序列，按照100nt的步長設計長度為20個堿基長度的特異性反義核酸序列，并對所有序列進行編號，以奇數(shù)為一組，偶數(shù)為一組，合成末端修飾Biotin-TEG基團的lncRNA ChIRP probe。lncRNA ChIRP probe與交聯(lián)的lncRNA分子復合物進行特異性雜交結合，通過末端修飾Biotin-TEG化學基團，利用鏈霉親和素偶聯(lián)的磁珠進行結合，純化出目標lncRNA所結合的染色質復合體，最后從復合體中純化出RNA、DNA和蛋白質用于后續(xù)的分析，以發(fā)現(xiàn)目標lncRNA的分子作用機制。混合后的奇數(shù)組探針庫和偶數(shù)組探針庫用于平行試驗，作為內(nèi)部參展，選取兩組中相同檢測的分子，排除非特異性的檢出分子，提高實驗的準確性。

產(chǎn)品訂購：

注：1）客戶需提供lncRNA編號和待檢測序列，公司將根據(jù)常規(guī)設計方式及客戶要求進行設計和合成相應數(shù)量的lncRNA ChIRP Probe及相應的Biotin-TEG標記方式。
2）考慮lncRNA功能研究的不確定性，公司承諾ChIRP Probe合成質量，但不保證實驗結果。

圖1  Ribo™ lncRNA ChIRP Probe 實驗流程及應用
（圖片來源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.）

ChIRP研究案例

一、ChIRP-DNA研究

利用ChIRP-Seq檢測特殊lncRNA在基因組內(nèi)結合位點和互作蛋白

研究者利用ChIRP-Seq鑒定了3個lncRNA在基因組DNA的結合位點。果蠅中l(wèi)ncRNA—roX2主要結合于雄性X染色體伴性基因，且更傾向分布于基因3’ 端的CES位點（chromosomal entry sites）；人端粒酶RNA—TERC出現(xiàn)在端粒和Wnt通路基因上；HOTAIR lncRNA則優(yōu)先出現(xiàn)在GA富集的DNA結構域，該區(qū)域是多梳蛋白結合域核心區(qū)，也是H3K27me3分布區(qū)。

圖2  將lncRNA—roX2的ChIRP-Seq結果與MSL3蛋白的ChIP-Seq結果進行直接比較。
（圖片來源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.）

A：roX2 ChIRP-Seq結合峰與MSL3 ChIP-Seq蛋白結合峰在CES處有明顯的重合，證明MSL3和roX2結合位點重疊；
B：roX2和MSL3在X染色體靶基因中主要分布于3’端轉錄終止位點（Transcription termination site）附近。

二、ChIRP-Protein研究

Xist lncRNA是X染色體失活的關鍵調控RNA。Howard Chang開發(fā)了一種基于ChIRP的質譜分析方法，ChIRP-MS，系統(tǒng)性鑒定了參與Xist非編碼RNA功能發(fā)揮的81種結合蛋白，包括染色質修飾蛋白，細胞核基質蛋白，RNA重塑通路相關蛋白。

圖3 采用ChIRP-MS系統(tǒng)性分析Xist功能發(fā)揮的重要結合蛋白（圖片來源于Chu C, et al. Cell. 2015）
A） 在無RNase處理的情況下，通過ChIRP能夠獲取60%以上的Xist轉錄本；
B和C）通過Xist-ChIRP獲取Xist結合蛋白電泳結果和WB。

參考文獻：
[1] Chu C, et al. Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs. Nature structural & molecular biology. 2015.
[2] Chu C, Zhang QC, et al. Systematic discovery of xist RNA binding proteins. Cell. 2015.