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外周血循環(huán)exosome lncRNA測序
【字體: 大 中 小 】 時間:2015年04月28日 來源:銳博生物
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銳博生物在全球領(lǐng)先研發(fā)出外周血循環(huán)exosome RNA富集和提取技術(shù),并結(jié)合微量RNA建庫測序技術(shù),提供外周血循環(huán)exosome lncRNA研究整體解決方案,為廣大的生物醫(yī)學研究提供最前沿和高質(zhì)量的技術(shù)服務(wù)。
exosome來源于晚期核內(nèi)體(也稱為多囊泡體)的囊泡,是由活細胞分泌的而來,是一類大小介于30-100nm的含有RNA和蛋白質(zhì)的微囊,幾乎所有類型的細胞都能分泌,廣泛存在于各種體液中,特別是存在于外周血循環(huán)系統(tǒng)。目前的研究發(fā)現(xiàn)外周血循環(huán)exosome包含有蛋白質(zhì)、脂質(zhì),還有種類豐富的各類核酸分子,特別miRNA、piRNA和lncRNA。這些核酸分子被exosome的脂膜所包裹和保護,在細胞間通信中發(fā)揮重要的生物學功能,并有望成為液體活檢的重要分子標志物。

外周血循環(huán)RNA存在形式示例圖
銳博生物在全球領(lǐng)先研發(fā)出外周血循環(huán)exosome RNA富集和提取技術(shù),并結(jié)合微量RNA建庫測序技術(shù),提供外周血循環(huán)exosome lncRNA研究整體解決方案,為廣大的生物醫(yī)學研究提供最前沿和高質(zhì)量的技術(shù)服務(wù)。
通過exosome lncRNA測序技術(shù),具有以下醫(yī)學意義:
• 開發(fā)針對復雜疾病的無創(chuàng)早期檢測標志物,提高診斷的特異性和靈敏性;
• 指導針對復雜疾病特別是腫瘤的個性化治療;
• 用于疾病的預后判斷,特別是循環(huán)系統(tǒng)疾病和腫瘤
服務(wù)流程

測序方案
1) 測序平臺:Illumina HiSeq 3000/2500
2) 測序模式:PE150/PE100
3) 測序數(shù)據(jù)量:每個樣本10G clean data
適用物種:人、大鼠、小鼠
樣本類型:血清或血漿
分析內(nèi)容
1. 去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理
2. 測序質(zhì)量評估
3. 參考基因組比對
4. 全基因組reads分布圖譜
5. RNA均一性分析
6. RNA序列完整性分析
7. mRNA一:已知mRNA鑒定
8. mRNA二:mRNA表達量計算及樣品間表達差異分析
9. mRNA三:差異基因KEGG生物通路富集分析
10. mRNA四:差異基因GO功能富集分析
11. lncRNA一:已知lncRNA鑒定
12. lncRNA二:計算已知lncRNA表達量及樣品間lncRNA表達差異分析
13. lncRNA三:預測新lncRNA
14. lncRNA四:計算新lncRNA表達量及樣品間新lncRNA表達差異分析
銳博實測數(shù)據(jù)展示
實測樣本:某份人血清exosome lncRNA

檢測結(jié)果中:
編碼基因約7000個;lncRNA基因約3000個;
mRNA轉(zhuǎn)錄本約10000個,lncRNA轉(zhuǎn)錄本約5000個
新lncRNA檢測:可檢測出超過2000新lncRNA轉(zhuǎn)錄本

基因完整度檢測:橫軸為轉(zhuǎn)錄本度覆蓋度,縱軸為轉(zhuǎn)錄本所占比例

轉(zhuǎn)錄本覆蓋均一性/偏好性檢測
說明:reads在轉(zhuǎn)錄本上分布較為均一,無3’或5’偏好性