生物通報(bào)道：2015開(kāi)年第一期《Nature Methods》雜志除了評(píng)出2014年度技術(shù)以外，還對(duì)一些熱門(mén)技術(shù)進(jìn)行了一番展望。在新的一年里，非編碼RNA（ncRNA）將依然是人們矚目的焦點(diǎn)，預(yù)計(jì)會(huì)有更多分析ncRNA功能的新方法涌現(xiàn)出來(lái)。（延伸閱讀：Nature Methods評(píng)出2014年度技術(shù)）

不編碼蛋白質(zhì)的RNA被稱(chēng)為非編碼RNA（ncRNA）。從上世紀(jì)六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA不斷刷新著人們對(duì)RNA重要性的認(rèn)識(shí)。隨著RNA測(cè)序及其衍生技術(shù)（比如CaptureSeq）的出現(xiàn)，人們發(fā)現(xiàn)了更多種類(lèi)的ncRNA，比如長(zhǎng)度超過(guò)200nt且不具有開(kāi)放閱讀框的lncRNA，以及源自啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等調(diào)控區(qū)域的短轉(zhuǎn)錄本。

人們逐漸意識(shí)到，包括環(huán)狀RNA（cRNA）、競(jìng)爭(zhēng)性?xún)?nèi)源RNA（ceRNA）在內(nèi)的一些短RNA是其他ncRNA的調(diào)控者，比如microRNA。不過(guò)，大部分ncRNA的功能至今還未能明確。

為了闡明lncRNA的作用，近年來(lái)人們進(jìn)行了大量的努力和嘗試。舉例來(lái)說(shuō)，elife雜志上發(fā)表的一項(xiàng)研究通過(guò)多重敲除小鼠模型，展示了lincRNA對(duì)生命和大腦發(fā)育的必要性，為日后的大規(guī)模lncRNA功能研究奠定了基礎(chǔ)。

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與此同時(shí)，人們也開(kāi)始反思目前ncRNA的分類(lèi)體系。迄今為止人們已經(jīng)鑒定了數(shù)千種lncRNA，但還沒(méi)能有效區(qū)分功能性RNA和偽轉(zhuǎn)錄事件。其中部分原因是，目前RNA分類(lèi)的基礎(chǔ)是技術(shù)而不是生化標(biāo)準(zhǔn)。

Nature Communications雜志上的一項(xiàng)研究建立了一個(gè)新的RNA分類(lèi)策略。研究顯示，根據(jù)RNA轉(zhuǎn)錄起始的特點(diǎn)及其對(duì)細(xì)胞核RNA外切復(fù)合體（exosome complex）的敏感性，可以正確而有效地分類(lèi)已注釋的各種轉(zhuǎn)錄本，包括已知功能的lncRNA。這種策略能夠從大量不穩(wěn)定的轉(zhuǎn)錄本中鑒定出穩(wěn)定的未知lncRNA，有助于研究已知RNA和新RNA的功能。

要了解ncRNA的作用機(jī)制，我們需要知道RNA的結(jié)構(gòu)、修飾及其結(jié)合對(duì)象。此外，統(tǒng)一的命名體系可以幫助我們更好的添加新成員，明確不同ncRNA在功能上的聯(lián)系，特別是lncRNA。開(kāi)發(fā)更好的計(jì)算工具對(duì)ncRNA進(jìn)行預(yù)測(cè)，將對(duì)這一領(lǐng)域產(chǎn)生重要的影響。此外，我們也亟需更好的數(shù)據(jù)庫(kù)，以便比較ncRNA的結(jié)構(gòu)、功能和對(duì)疾病的影響。

參考文獻(xiàn)：

Multiple knockout mouse models reveal lincRNAs are required for life and brain development. elife

Nuclear stability and transcriptional directionality separate functionally distinct RNA species. Nature Communications

生物通編輯：葉予

生物通推薦原文：

METHOD TO WATCH：Understanding noncoding RNAs