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Bio-Rad ddPCR最重要的10篇文獻(xiàn)
【字體: 大 中 小 】 時(shí)間:2015年01月04日 來源:Bio-Rad
編輯推薦:
Bio-Rad的微滴式數(shù)字PCR在2011年年底正式商業(yè)化上市以來,即將進(jìn)入第五個(gè)年頭。該創(chuàng)新的技術(shù)已經(jīng)得到了學(xué)術(shù)界的廣泛使用與認(rèn)可,截止目前在Bio-Rad的ddPCR平臺(tái)上發(fā)表的文章已經(jīng)接近200余篇,涉及多方面的應(yīng)用。對(duì)此,我們?cè)u(píng)選出了2011~2014年在Bio-Rad ddPCR平臺(tái)上發(fā)表的最重要的10篇文獻(xiàn),供大家參考。
Bio-Rad的微滴式數(shù)字PCR在2011年年底正式商業(yè)化上市以來,即將進(jìn)入第五個(gè)年頭。該創(chuàng)新的技術(shù)已經(jīng)得到了學(xué)術(shù)界的廣泛使用與認(rèn)可,截止目前在Bio-Rad的ddPCR平臺(tái)上發(fā)表的文章已經(jīng)接近200余篇,涉及多方面的應(yīng)用。對(duì)此,我們?cè)u(píng)選出了2011~2014年在Bio-Rad ddPCR平臺(tái)上發(fā)表的最重要的10篇文獻(xiàn),供大家參考。同時(shí)也可以看出該新技術(shù)的生命力與應(yīng)用前景。
特此聲明:排名順序與重要性無關(guān)
入選理由:第一篇基于QX100的文章,首次驗(yàn)證了ddPCR在CNV分析,極低含量點(diǎn)突變檢測(cè)方面的可應(yīng)用性。在后續(xù)ddPCR的相關(guān)文獻(xiàn)中具有極高的引用率。
文章標(biāo)題:High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number;
發(fā)表期刊:Anal Chem. 2011; 83(22), pp 8604-8610
作者:Benjamin J. Hindson, Kevin D. Ness, Donald A. Masquelier, Phillip Belgrader, Nicholas J. Heredia, Anthony J. Makarewicz, Isaac J. Bright, Michael Y. Lucero, Amy L. Hiddessen, Tina C. Legler,Tyler K. Kitano, Michael R. Hodel, Jonathan F. Petersen, Paul W. Wyatt, Erin R. Steenblock, Pallavi H. Shah, Luc J. Bousse, Camille B. Troup, Jeffrey C. Mellen, Dean K. Wittmann, Nicholas G. Erndt, Thomas H. Cauley, Ryan T. Koehler, Austin P. So, Simant Dube, Klint A. Rose, Luz Montesclaros, Shenglong Wang, David P. Stumbo, Shawn P. Hodges, Steven Romine, Fred P. Milanovich, Helen E. White, John F. Regan, George A. Karlin-Neumann, Christopher M. Hindson, Serge Saxonov, and Bill W. Colston;
入選理由:第一篇采用ddPCR技術(shù)對(duì)大樣品條件下NGS數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證的文章。截止目前為止, ddPCR與NGS、Array聯(lián)用來進(jìn)行CNV位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)及確認(rèn)越來越成為一種“標(biāo)準(zhǔn)化的流程”。
文章標(biāo)題:Structural haplotypes and recent evolution of the human 17q21.31 Region;
發(fā)表期刊:Nat Genet. 2012; 44(8), pp 881-885
作者:Boettger LM, Handsaker RE, Zody MC, McCarroll SA.;
文章摘要:
哈佛醫(yī)學(xué)院由Steven A McCarroll領(lǐng)導(dǎo)的實(shí)驗(yàn)室對(duì)人17號(hào)染色體的17q21.31區(qū)域進(jìn)行了深入研究,因?yàn)樵搮^(qū)域復(fù)雜的基因組結(jié)構(gòu)變異與神經(jīng)性疾病以及婦女的不孕不育有關(guān)。
首先他們采用NGS進(jìn)行了全基因組測(cè)序,在上述區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)了很多包括CNV在內(nèi)的基因組結(jié)構(gòu)變異,他們將該區(qū)域分成了3個(gè)大的片段。這時(shí)他們需要一種成本可控,高通量且快速的實(shí)驗(yàn)方法來對(duì)NGS發(fā)現(xiàn)的CNV位點(diǎn)在大樣本的情況下進(jìn)行驗(yàn)證。在文獻(xiàn)中,他們采用了ddPCR的方法來完成對(duì)大樣本的測(cè)試,結(jié)果顯示ddPCR的結(jié)果與NGS的數(shù)據(jù)高度吻合,相關(guān)性大于99%。
入選理由:ddPCR與其他技術(shù)的聯(lián)合使用,在各種組學(xué)的水平上進(jìn)行的個(gè)性化研究。首次將ddPCR技術(shù)應(yīng)用于等位基因的不平衡表達(dá)分析,并驗(yàn)證了NGS的結(jié)論。
文章標(biāo)題:Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes;
發(fā)表期刊:Cell. 2012;148(6), pp1293-1307
作者:Chen R, Mias GI, Li-Pook-Than J, Jiang L, Lam HY, Chen R, Miriami E, Karczewski KJ, Hariharan M, Dewey FE, Cheng Y, Clark MJ, Im H, Habegger L,Balasubramanian S, O'Huallachain M, Dudley JT, Hillenmeyer S, Haraksingh R, Sharon D, Euskirchen G, Lacroute P, Bettinger K, Boyle AP, Kasowski M,Grubert F, Seki S, Garcia M, Whirl-Carrillo M, Gallardo M, Blasco MA, Greenberg PL, Snyder P, Klein TE, Altman RB, Butte AJ, Ashley EA, Gerstein M, Nadeau KC, Tang H, Snyder M.;
入選理由:首次將ddPCR應(yīng)用于基因表達(dá)過程中不同選擇性剪切產(chǎn)物的研究,并與腫瘤發(fā)病的機(jī)理研究相結(jié)合。
文章標(biāo)題:Simultaneous Quantification of Alternatively Spliced Transcripts in a Single droplet digital PCR Reaction.;
發(fā)表期刊:BioTechniques 56:319-325 No.6 2014
作者:Bing Sun, Lian Tao, and Yun-Ling Zheng
文章摘要:
選擇性剪接(alternative splicing)越來越成為基因表達(dá)調(diào)控的研究熱點(diǎn),據(jù)估計(jì)人類70%編碼蛋白的功能基因都存在選擇性剪接的調(diào)控方式,并且也是導(dǎo)致腫瘤發(fā)生的原因之一。二代測(cè)序(NGS)技術(shù)能很好的用來研究、分析特定基因不同的選擇性剪接產(chǎn)物,但所需實(shí)驗(yàn)成本較高,且需要較大量的RNA樣品。
目前為止,總共約有20種不同的人端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(human telomere reverse transcriptase ,hTERT)的選擇性剪接產(chǎn)物被報(bào)導(dǎo),其中主要的4種產(chǎn)物在多種腫瘤組織中都存在(α deletion: α-/β+; β deletion: α+/β-; α + β double deletion: α-/β-; no-deletion: α+/β+)。僅全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物才具有相關(guān)的端粒酶活性,超過90%的腫瘤組織的端粒酶活性相比于癌旁組織有顯著的升高,因此這些不同的選擇性剪接產(chǎn)物可以被用來進(jìn)行癌癥機(jī)理的研究以及早期檢測(cè)等的分子標(biāo)記物。
長(zhǎng)期以來研究人員缺乏足夠靈敏和準(zhǔn)確的技術(shù)來同時(shí)定量多種選擇性剪接的RNA轉(zhuǎn)錄子,本文采用了微滴式數(shù)字PCR對(duì)hTERT 4種不同的剪接產(chǎn)物進(jìn)行絕對(duì)定量的研究,也是進(jìn)行選擇性剪接此類研究的第一篇正式文獻(xiàn)。只需要一對(duì)引物,兩條TaqMan探針,無需標(biāo)準(zhǔn)品,就能在一個(gè)反應(yīng)孔內(nèi),同時(shí)定量檢測(cè)四種hTERT選擇性剪接RNA轉(zhuǎn)錄子。
入選理由:首次以血漿游離DNA作為樣品,采用ddPCR技術(shù)對(duì)非小細(xì)胞肺癌病人TKI治療過程中的耐藥性突變位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè),證實(shí)了這種方法的可行性。
文章標(biāo)題:Noninvasive Detection of Response and Resistance in EGFR-Mutant Lung Cancer Using Quantitative Next-Generation Genotyping of Cell-Free Plasma DNA.;
發(fā)表期刊:Clin Cancer Res 2014;20:1698-1705;
作者:Geoffrey R. Oxnard, Cloud P. Paweletz, Yanan Kuang, et al.;
文章摘要:
TKI靶向治療肺癌是個(gè)性化治療的范例之一,隨著個(gè)性化治療的深入,如何改變臨床實(shí)踐來確保最大程度發(fā)揮靶向治療的作用非常重要。這樣才能使可能獲益的患者應(yīng)用具有針對(duì)性的靶向藥物,同時(shí)使不適宜靶向藥物治療的病人遠(yuǎn)離那些藥物。
發(fā)表于Clinical Cancer Research上的該文章采用微滴式PCR的方法對(duì)晚期肺癌、黑色素細(xì)胞瘤病人的血漿游離腫瘤DNA進(jìn)行EGFR、KRAS和BRAF的檢測(cè),希望能找到一種特異性好、靈敏度高的方法對(duì)病人腫瘤的基因型進(jìn)行分析,試圖克服目前常規(guī)檢測(cè)方法繁瑣、假陽(yáng)性率高的問題。由于采用病人的血漿樣品,因此這種方法對(duì)病人而言是非侵入性的,更重要的能夠?qū)Ψ伟┎∪嗽诮邮蹺rlotinib治療后對(duì)療效進(jìn)行評(píng)估,并對(duì)可能產(chǎn)生的耐藥突變進(jìn)行監(jiān)測(cè),如T790M。
文章對(duì)9個(gè)接受厄洛替尼一線治療的病人進(jìn)行血漿游離腫瘤DNA的監(jiān)測(cè)后發(fā)現(xiàn):在其中6個(gè)病人的血漿中都能檢測(cè)到耐藥的T790M突變及其隨治療周期延長(zhǎng)而導(dǎo)致的濃度增加;此外發(fā)現(xiàn)T790M突變?cè)跁r(shí)間上比通過X光拍片確認(rèn)發(fā)生腫瘤惡化最早可以提前16周。
可見微滴式數(shù)字PCR對(duì)于血漿游離腫瘤DNA的檢測(cè)對(duì)于一線治療療效評(píng)估、耐藥突變的檢測(cè)以及個(gè)性化治療在臨床上的應(yīng)用意義重大。
入選理由:首次將多對(duì)TaqMan探針的assay和ddPCR結(jié)合使用,實(shí)現(xiàn)了對(duì)腫瘤浸潤(rùn)性T淋巴細(xì)胞的分類。方法學(xué)上也證實(shí)了ddPCR與多重PCR結(jié)合使用的可行性。
文章標(biāo)題:Digital Genomic Quantification of Tumor-Infiltrating Lymphocytes.;
發(fā)表期刊:Sci Transl Med 5, 214ra169 (2013)
作者:Harlan S. Robins, Nolan G. Ericson, Jamie Guenthoer, Kathy C. O’Briant, Muneesh Tewari, Charles W. Drescher, Jason H. Bielas;
文章摘要:
來自Fred Hutchinson癌癥研究中心的研究人員利用ddPCR技術(shù),首次對(duì)一種特殊的腫瘤攻擊性免疫細(xì)胞進(jìn)行了定量。
腫瘤浸潤(rùn)性T淋巴細(xì)胞(Infiltrating T lymphocyte),常常發(fā)現(xiàn)于惡性腫瘤中,并參與了宿主的免疫應(yīng)答。多個(gè)獨(dú)立的研究已經(jīng)證明了腫瘤浸潤(rùn)性淋巴細(xì)胞(tumor-infiltrating lymphocytes, TILs)的存在及其數(shù)量與生存率密切相關(guān)。但是由于方法學(xué)的限制,當(dāng)前對(duì)TILs的檢測(cè)最多只能進(jìn)行半定量。因此,不能利用TILs來進(jìn)行臨床決策。
鑒于TILs的重要性,特別是考慮到其對(duì)癌癥預(yù)測(cè)的潛在效用以及它們?cè)诿庖邞?yīng)答中的作用,F(xiàn)red Hutchinson癌癥研究中心的研究人員利用QX100系統(tǒng)開發(fā)了一種基于微滴式數(shù)字PCR的“QuanTILfy”檢測(cè)。由于適應(yīng)性免疫細(xì)胞具有分子標(biāo)簽,而且T細(xì)胞在其T細(xì)胞受體(T cell receptor, TCR)基因位點(diǎn)進(jìn)行基因重排,這使得對(duì)TILs的定量成為可能。“QuanTILfy”檢測(cè)可對(duì)組織中(包括腫瘤)的TILs進(jìn)行定量,并對(duì)T細(xì)胞的克隆性進(jìn)行評(píng)估。而且,研究人員還開發(fā)了一種分型系統(tǒng)來對(duì)“克隆性”進(jìn)行分級(jí),“克隆性”或許是藥物靶點(diǎn)的一個(gè)標(biāo)記物。
在本研究中,F(xiàn)red Hutchinson研究人員對(duì)30名卵巢癌患者的原發(fā)性腫瘤進(jìn)行了QuanTILfy測(cè)定,這些患者已知生存預(yù)后在1-122個(gè)月之間。相比于生存期不到2年的患者,生存期超過5年的患者TILs出現(xiàn)率大約高3倍。這些結(jié)果表明,高水平TILs與患者生存呈正相關(guān),支持了這一假說:TILs發(fā)揮了抑制腫瘤形成的作用。
QuanTILfy檢測(cè)被證實(shí)精確性和靈敏度極佳。在血液和正常人肺成纖維細(xì)胞純化出的人類T細(xì)胞的混合物中,這一檢測(cè)能夠在10,000個(gè)腫瘤細(xì)胞中檢測(cè)到一次TCR重排。重要的是,它也證實(shí)了ddPCR技術(shù)能夠通過多重檢測(cè)在一次反應(yīng)中同時(shí)定量大量的標(biāo)記物。
在對(duì)該項(xiàng)目的領(lǐng)導(dǎo)Jason Bielas(Fred Hutchinson癌癥研究中心公共健康科學(xué)部準(zhǔn)會(huì)員)進(jìn)行采訪時(shí),Bielas表示“現(xiàn)在我們具備了在腫瘤細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)重現(xiàn)性計(jì)數(shù)TILs的能力,我們或許能夠基于腫瘤TILs計(jì)數(shù)將患者進(jìn)行分級(jí),尤其是采用免疫療法給予更有效的治療。”
入選理由:首次在ddPCR上采用EvaGreen染料法實(shí)現(xiàn)了單孔、單通道情況下CNV和SNP的同時(shí)分析。
文章標(biāo)題:High Sensitivity Detection and Quantitation of DNA Copy Number and Single Nucleotide Variants with Single Color Droplet Digital PCR.;
發(fā)表期刊:Anal. Chem. 2014, 86, 2618−2624
作者:Laura Miotke, Billy T. Lau, Rowza T. Rumma, and Hanlee P. Ji;
文章摘要:
該文獻(xiàn)是第一篇在伯樂公司升級(jí)后的QX200上采用EvaGreen方法由斯坦福大學(xué)的科學(xué)家完成的文獻(xiàn)。文章采用EvaGreen的方法僅利用單孔、單熒光信號(hào)通道就實(shí)現(xiàn)了對(duì)腫瘤細(xì)胞系和腸癌病人的臨床樣品進(jìn)行了CNV和SNP的檢測(cè),前者以FLT3基因?yàn)榘悬c(diǎn),后者以BRAF V600E的靶點(diǎn)。
在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)時(shí),對(duì)不同擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度進(jìn)行控制,就能利用PCR反應(yīng)結(jié)束后終點(diǎn)熒光信號(hào)強(qiáng)度的不同在一個(gè)反應(yīng)孔內(nèi)區(qū)分2種不同的產(chǎn)物。在FLT3 CNV的檢測(cè)中,可以區(qū)分FLT3目標(biāo)基因與UC1內(nèi)參基因;在BRAF V600E的突變檢測(cè)中,可以有效區(qū)分野生型與突變型對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增產(chǎn)物。其檢測(cè)結(jié)果與采用TaqMan探針法的結(jié)果完全一致。與傳統(tǒng)的TaqMan探針相比,EvaGreen染料法在實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、優(yōu)化以及成本的控制方面更具有推廣性。
入選理由:首次將ddPCR和qPCR在miRNA表達(dá)含量分析時(shí)結(jié)果的重復(fù)性進(jìn)行了系統(tǒng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)比較,證實(shí)了ddPCR方法的優(yōu)勢(shì)。具有較高的引用率。
文章標(biāo)題:Absolute Quantification by droplet digital PCR versus Analog real-time PCR.;
發(fā)表期刊:Nature Methods | ADVANCE ONLINE PUBLICATION doi:10.1038/nmeth.2633
作者:Christopher M Hindson, John R Chevillet, Hilary A Briggs, Emily N Gallichotte, Ingrid K Ruf, Benjamin J Hindson, Robert L Vessella & Muneesh Tewari;
文章摘要:
來自Fred Hutchinson癌癥研究中心等處的研究人員在《Nature Methods》發(fā)表文章證明了微滴式數(shù)字PCR(Droplet Digital PCR,ddPCR)技術(shù)能用于不同情況下,準(zhǔn)確,可重復(fù)性的血漿和血清microRNA(miRNA)量化檢測(cè),這將為miRNA及其它核酸用于循環(huán)生物標(biāo)志物的檢測(cè)鋪墊了道路。
文章的第一作者,F(xiàn)red Hutchinson癌癥研究中心人類生物學(xué)部Muneesh Tewari博士表示,“在循環(huán)系統(tǒng)miRNA診斷領(lǐng)域,微滴式數(shù)字PCR(ddPCR)能幫助我們進(jìn)行生物標(biāo)記物研究,直接比較同一實(shí)驗(yàn)室跨天多次試驗(yàn),甚至不同實(shí)驗(yàn)室之間的檢測(cè)結(jié)果。”
實(shí)時(shí)定量PCR(qPCR)已被廣泛用于血液樣品miRNA的分析測(cè)試中。但是研究人員發(fā)現(xiàn),血清或血漿中的miRNA qPCR測(cè)量出現(xiàn)了極高的差異性,無法用作穩(wěn)定的血液生物標(biāo)志物的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),因此這一領(lǐng)域的研究人員一直在尋求一種能獲得更可靠結(jié)果的新方法。
數(shù)字PCR具有許多優(yōu)于定量PCR的優(yōu)點(diǎn),比如無需標(biāo)準(zhǔn)曲線,以及不受不同樣品和試驗(yàn)過程中PCR擴(kuò)增效率變化的影響,就能獲得絕對(duì)定量。而這些優(yōu)點(diǎn)都體現(xiàn)在了Bio-Rad公司推出的這款 QX100™ Droplet Digital PCR (ddPCR™) 系統(tǒng)中。
為了評(píng)估每個(gè)工作流程的步驟,包括連續(xù)稀釋準(zhǔn)備,反轉(zhuǎn)錄(RT)和PCR擴(kuò)增,Tewari博士和他的團(tuán)隊(duì)分別在三個(gè)獨(dú)立的工作日中,通過ddPCR嵌套分析對(duì)比定量PCR,對(duì)水和血漿中6種不同的合成miRNA各稀釋系列的cDNA進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)比較于qPCR,ddPCR在PCR特異性變化方面,具有更高的精確度(48-72%的更少變異系數(shù))。
接下來,研究小組進(jìn)行血清miRNA的qPCR和ddPCR并列比較檢測(cè)。他們收集了20例晚期前列腺癌患者,和20例年齡相匹配的男性對(duì)照血清樣品,分析其中的miR-141豐度,miR-141是一種已被證明的晚期前列腺癌的生物標(biāo)志物。 研究人員分別在不同的三天里準(zhǔn)備了qPCR和ddPCR分析的不同稀釋濃度,并進(jìn)行了檢測(cè),結(jié)果發(fā)現(xiàn)ddPCR相比于qPCR,能提高7倍不同一天里實(shí)驗(yàn)室的重復(fù)率,這在對(duì)照研究中也得到了證實(shí):ddPCR的結(jié)果更為可信(p=0.0036 vs. p=0.1199)。
Tewari博士說,“我們選擇使用Bio-Rad公司的QX100微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng),因?yàn)樗悄壳笆袌?chǎng)上的第一個(gè)從成本和通量上考慮,適合于實(shí)驗(yàn)室日常研究的數(shù)字PCR系統(tǒng)。微滴式數(shù)字PCR將能幫助我們更加精確的追蹤病人治療期間不同時(shí)間段中的血清microRNA生物標(biāo)志物濃度變化情況,這對(duì)于實(shí)時(shí)PCR來說,有時(shí)是不可能實(shí)現(xiàn)的。”
入選理由:首次通過實(shí)驗(yàn)證實(shí)了微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)對(duì)PCR抑制物不敏感,尤其適合對(duì)復(fù)雜來源的樣品進(jìn)行核酸分子的檢測(cè)與分析,具有較高的引用率。
文章標(biāo)題:Tolerance of Droplet-Digital PCR vs Real-Time Quantitative PCR to Inhibitory Substances.;
發(fā)表期刊:Clinical Chemistry 59:11 (2013)
作者:Tanis C. Dingle, Ruth Hall Sedlak, Linda Cook, Keith R. Jerome;
文章摘要:
華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)系和福瑞德•哈金森癌癥研究中心系統(tǒng)比較了QX100微滴式數(shù)字PCR和傳統(tǒng)定量PCR對(duì)SDS、EDTA、Heparin(肝素,血液抗凝劑)等常見PCR抑制物的耐受程度。通過計(jì)算和比較兩種平臺(tái)的抑制曲線和最大抑制濃度中值(IC50)表明,微滴式數(shù)字PCR對(duì)SDS、肝素的耐受度高于定量PCR方法。
入選理由:ddPCR作為一種高靈敏度檢測(cè)手段的出現(xiàn),必將對(duì)上游的核酸純化產(chǎn)業(yè)帶來壓力。該文是ddPCR技術(shù)大規(guī)模應(yīng)用后,第一篇致力于針對(duì)具體的應(yīng)用改善核酸純化方法的應(yīng)用文章。
文章標(biāo)題:Akonni TruTip and Qiagen Methods for Extraction of Fetal Circulating DNA - Evaluation by Real-Time and Digital PCR.;
發(fā)表期刊:PLOS ONE. August 2013 | Volume 8 | Issue 8 | e73068
作者:Rebecca C. Holmberg, Alissa Gindlesperger, Tinsley Stokes, David Lopez, Lynn Hyman, Michelle Freed, Phil Belgrader, Jeanne Harvey, Zheng Li;
文章摘要:
很多利用定量PCR方法進(jìn)行低拷貝核酸檢測(cè)的研究人員很關(guān)心的問題之一就是檢測(cè)的靈敏度,也就是說能夠在多少拷貝的水平實(shí)現(xiàn)DNA或RNA分子穩(wěn)定的檢出。其實(shí)靈敏度主要取決于2個(gè)主要的方面:樣品中核酸提取的效率和具體檢測(cè)體系的靈敏度,兩者一起決定了具體目標(biāo)序列的檢測(cè)靈敏度。
隨著超靈敏度的微滴式數(shù)字PCR技術(shù)的出現(xiàn),使得核酸純化成為低拷貝模板檢測(cè)過程中的瓶頸與限制性實(shí)驗(yàn)步驟,對(duì)從樣品中進(jìn)行高效的核酸分子提取提出了更高的要求。由Akonni Biosystems和Novartis的科學(xué)家共同完成的這篇文章以無創(chuàng)產(chǎn)前診斷或篩查(NIPD或NIPT)的應(yīng)用為例,比較了Akonni Biosystems的TruTip和QIAGEN的Circulating Nucleic Acids試劑盒對(duì)于cffDNA提取的效果。對(duì)得到的核酸提取物分別采用定量PCR和ddPCR進(jìn)行了分析,得到的結(jié)果顯示Akonni Biosystems對(duì)于片段化的胎兒游離DNA提取的得率比QIAGEN的試劑盒提高了約87%,且定量PCR的結(jié)果與ddPCR結(jié)果相關(guān)性良好。
對(duì)于核酸序列高效的提取,該文獻(xiàn)中雖然以NIPD或NIPT的應(yīng)用為例,但對(duì)于其他的應(yīng)用也具有重要的意義,例如從血漿或血清樣品中對(duì)腫瘤相關(guān)突變的早期檢測(cè)等。
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