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    Caliper微流體芯片技術——GQS評估基因組DNA質量的新方法[新品推薦]

    【字體: 時間:2013年05月15日 來源:

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      基因有限公司的Caliper微流體芯片技術,獨創GQS(基因組DNA質量分數),用于評估基因組DNA的完整性,以保證gDNA的高質量以進行后續研究分析,是下一代測序和分子診斷等得到高質量結果的決定性步驟。

    隨著疾病和藥物治療在遺傳水平上的研究越來越普遍,高質量基因組DNA的有效性及評估其質量的方法是必不可少的。在一些研究中,比如下一代測序和分子診斷,保證基因組DNA的完整性(有大片段的分布并沒有降解)是得到高質量結果的決定性步驟。

    目前,瓊脂糖凝膠通常被用于直觀的分析基因組DNA的質量。這些凝膠是可以提供信息的,但是也同樣存在差異性,如大小,smearing,定量和染色(尤其在加入量不同時)等。另外,以膠為基礎的實驗很難實現自動化,或者難于分析大量的樣品,也不能提供真實的分布情況和得到數字化的數據結果。

    Lab on Chip技術主要是使用LabChip GX儀器(一個高通量,自動化的微流體芯片電泳分離平臺)來評價基因組DNA的質量。這個分析產生了一個質量參數標準- 基因組DNA質量分數the gDNA Quality Score (GQS)-以確定一個樣本可以進行后續分析的可接受的標準。基因組DNA質量分數(GQS)范圍從0到5,分數為5表現為*高質量。由LabChip GX儀器帶來的高度的重復性、通用性和高通量克服了依賴于凝膠方法的局限。而且,數據結果是數字化的,更方便于存檔和發布。

       

    LabChip GX儀器預充芯片,并自動化的得到樣本的電泳分析結果。樣本逐個由毛細管自動化的吸取,當樣本進入到芯片中,樣本在微流體芯片管路中被染色,分離和檢測。有兩種芯片制備的方法,分別為每輪分析24個樣本和48個樣品。每個樣本的分析時間為2.5分鐘,結果顯示為電泳峰圖(Figure 1A)和膠圖(Figure 1B)。另外,一個基因組DNA質量分數,GQS來自于gDNA的大小分布;質量分數和樣品的濃度等信息都會在軟件中顯示。Figure 2展示的是3個樣本產生不同程度的降解;降解越多的樣本GQS分數越小。

    Figure 1. 從1 to 50 ng/μL梯度稀釋的基因組DNA的電泳峰圖 (A) 和 膠圖(B) 

    Figure 2.基因組DNA在片段化酶的作用下降解程度的電泳峰圖和膠圖。1 μL enzyme / 1 μg gDNA孵育3-20分鐘,GQS分數隨著降解程度的增加而減小。

    Figure 3.  4個gDNA樣品的電泳峰圖,其中,GQS 1.1的分數建議此樣品不適合用于下游應用。其他的樣品,GQS分數大于3,是適合后續研究應用的。

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