*新一期Nucleic Acids Research上發(fā)表了一篇利用PacBio單分子測序方法對HIV-1病毒轉(zhuǎn)錄組可變剪切模式的研究。HIV-1病毒是一種典型的RNA病毒，其基因組比目前已知的任何一種病毒基因組都復(fù)雜。HIV-1只有一個轉(zhuǎn)錄起始位點，卻有多種剪切異構(gòu)體，是研究可變剪切的一種較好模型。

在采用第二代測序平臺研究轉(zhuǎn)錄組的可變剪切時，生成的片段過短，需要進行片段拼接后才能分析選擇性剪切。然而片段拼接會失去轉(zhuǎn)錄組可變剪切的真實信息，往往只能通過猜測和推斷來分析剪切位點。而單分子測序則不同，其生成的長片段能夠使研究者們一次性完成對cDNA的通讀，直接識別剪切位點。

PacBio單分子測序的一大突出優(yōu)勢就是讀長長，利用這樣的長讀長研究者們就能夠更容易的分析選擇性剪切模式。在這項研究中研究人員先將HIV-1的轉(zhuǎn)錄組進行反轉(zhuǎn)錄，隨后再進行cDNA測序。研究人員分別提取不同病人體內(nèi)感染了HIV-1病毒的T細(xì)胞和HOS細(xì)胞中的RNA，反轉(zhuǎn)錄獲得了病毒的cDNA產(chǎn)物，而后在PacBio平臺上進行單分子測序。通過分析，他們發(fā)現(xiàn)了109個HIV-1獨有的可變剪切產(chǎn)物，其中兩個還編碼新的蛋白。研究表明，HIV-1的剪切模式具有很大的異質(zhì)性，在不同細(xì)胞、不同病人中其剪切模式和異構(gòu)體明顯不同，而且即使是在同一細(xì)胞同一病人中，在不同的時間段剪切模式也會發(fā)生改變。