基因組純化之Thermo篇 基于磁珠的基因組提取純化系統(tǒng)[選購寶典]
【字體: 大 中 小 】 時(shí)間:2011年05月31日 來源:賽默飛世爾科技
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賽默飛世爾科技推出的Thermo Scientific KingFisher 磁珠純化技術(shù)是新一代樣品純化技術(shù),在 KingFisher系統(tǒng)上利用轉(zhuǎn)移磁珠的純化方法,從普通樣品如:血液、動植物組織、細(xì)菌、細(xì)胞、病毒;以及疑難樣品如:唾液、土壤、糞便、FFPE、法檢等樣品中,自動化快速提取高產(chǎn)量、高質(zhì)量、高完整度的DNA、RNA樣品。
賽默飛世爾科技推出的Thermo Scientific KingFisher 磁珠純化技術(shù)是新一代樣品純化技術(shù),在 KingFisher系統(tǒng)上利用轉(zhuǎn)移磁珠的純化方法,從普通樣品如:血液、動植物組織、細(xì)菌、細(xì)胞、病毒;以及疑難樣品如:唾液、土壤、糞便、FFPE、法檢等樣品中,自動化快速提取高產(chǎn)量、高質(zhì)量、高完整度的DNA、RNA樣品。KingFisher 磁珠純化技術(shù)及KingFisher自動磁珠純化儀,除了在核酸純化領(lǐng)域有卓越的表現(xiàn)外,作為開放的平臺,根據(jù)試劑盒種類不同,KingFisher 也出色應(yīng)用于蛋白質(zhì)純化、免疫細(xì)胞分選、細(xì)菌富集等領(lǐng)域。
隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展,科研及臨床檢測要求的提高,核酸純化方法也經(jīng)歷了密度梯度離心,酚氯仿、苯酚、異戊醇抽提,二氧化硅吸附等化學(xué)物理方法。目前,基于硅膠膜對核酸特異結(jié)合的原理所開發(fā)的方法已成為核酸純化的主流方法。為了減少化學(xué)、物理因素對核酸的破壞和降解,科學(xué)家們力求開發(fā)快速、溫和的純化方法,在確保遺傳信息的完整性同時(shí),提高工作效率。而KingFisher磁珠純化法不僅滿足了科研工作者對核酸質(zhì)量的高要求,同時(shí)其自動化、通量高、速度快、靈敏度高的特性也提高了科研工作者的工作效率。目前轉(zhuǎn)移磁珠的磁珠純化方案正在逐步替代以往的各種方法,特別是目前普遍應(yīng)用的離心柱法。
酚法抽提、玻璃珠沉淀法、離心柱法與磁珠法:
經(jīng)典的核酸純化法采用酚、氯仿抽提,樣品經(jīng)過處理后分為水相和有機(jī)相,通過酒精離心沉淀水相中核酸的方法純化樣品中的核酸,這就是我們所說的酚-率氯仿抽提法。酚法抽提相對穩(wěn)定,至今仍被多數(shù)科技工作者廣泛應(yīng)用,也是其他多種提取方法的操作基礎(chǔ)。
隨后,科學(xué)家發(fā)現(xiàn)核酸與硅存在特異結(jié)合,并開發(fā)了用玻璃珠吸附核酸,離心沉淀后經(jīng)過洗和洗脫得到純化的核酸樣品,因玻璃珠比重較大,容易離心到管底,從而縮短了離心時(shí)間,目前此方法仍被部分實(shí)驗(yàn)室采用。
后來科學(xué)家將玻璃珠改成玻璃纖維,并將玻璃纖維制成薄膜狀,置于離心管中層,用離心的方法從裂解液中吸附,這就是目前核酸純化的主流方法--離心柱法。離心柱法極大簡化了操作流程、縮短操作時(shí)間,目前已成為大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室主流純化方法;但離心柱法樣品與硅介質(zhì)結(jié)合時(shí)間短,樣品回收率低,并對樣品有一定的損傷。

圖1 基于離心法的核酸純化
以上提到的三種方法都是需要離心操作的純化方法(圖1),每一批樣品的提取都涉及到開關(guān)離心管蓋、廢液處理、加液的操作,不僅引入了人為誤差,也容易在大批量樣品處理時(shí)造成交叉污染。而應(yīng)用磁珠純化技術(shù),則可以利用磁鐵特異吸附磁珠(圖2A),從而省去離心操作,減少人為操作環(huán)節(jié),避免人為誤差,不僅節(jié)省時(shí)間,同時(shí)使高通量純化成為可能。

圖2 磁珠純化的原理及轉(zhuǎn)移液體、轉(zhuǎn)移磁珠的設(shè)計(jì)
Thermo Scientific KingFisher轉(zhuǎn)移磁珠純化方案的專利設(shè)計(jì)
無論離心柱過濾法還是磁珠法,都是基于硅介質(zhì)與核酸特異結(jié)合的原理而發(fā)展起來的。離心柱法所采用的硅膠膜實(shí)際上就是玻璃纖維,而磁珠之所以能夠結(jié)合核酸也是因?yàn)槠浔砻姘涣瞬AЮw維。而磁珠純化法本身也經(jīng)歷了轉(zhuǎn)移液體的磁珠純化和轉(zhuǎn)移磁珠的磁珠純化兩個(gè)階段。
最初的設(shè)計(jì)是用磁力架將磁珠吸附在管內(nèi)壁,隨后將不含磁珠的液體吸走,達(dá)到結(jié)合、洗滌、洗脫的目的(圖2B)。但轉(zhuǎn)移液體需要吸頭移液操作,首先會有大量的液體殘留,其次吸液時(shí)會損耗一些磁珠,降低磁珠回收率,再者吸液操作的廢液處理及移液過程中容易產(chǎn)生交叉污染。
為了彌補(bǔ)轉(zhuǎn)移液體方案的不足,賽默飛世爾科技開發(fā)了一種轉(zhuǎn)移磁珠的純化方案。與轉(zhuǎn)移液體的方案不同,轉(zhuǎn)移磁珠方案用磁力棒吸附、轉(zhuǎn)移磁珠,省去了移液操作,縮短了由移液帶來的操作時(shí)間(圖2C);同時(shí)在保證磁珠完全回收轉(zhuǎn)移的同時(shí),使液體殘留量降至最低水平;從而提高了樣品純度和后續(xù)檢測靈敏度。
公司的研發(fā)團(tuán)隊(duì)將這種技術(shù)命名為KingFisher技術(shù) (專利號US 6447729, US 6448092)。KingFisher在英文中是翠鳥的意思,美國的動物行為學(xué)家發(fā)現(xiàn),KingFisher(翠鳥)可以從復(fù)雜的河流環(huán)境中捕食自己喜歡吃的魚類,而磁力棒吸附、轉(zhuǎn)移磁珠的操作就像KingFisher從河中捕魚一樣,因此將這種技術(shù)命名為KingFisher磁珠純化法。
Thermo Scientific KingFisher磁珠純化儀的超強(qiáng)兼容性與延展性
KingFisher磁珠自動純化系統(tǒng)是一套完全開放的體系,幾乎兼容所有市面上可以查到的,進(jìn)口及國產(chǎn)基于磁珠法的純化試劑盒,如:OMEGA、Qiagen、Ambion、Invitrogen、Invitek等進(jìn)口品牌,以及天根、博坤、易瑞等國產(chǎn)試劑盒。應(yīng)用這些多種多樣的試劑盒,研究人員可以方便的從普通樣品如:血液、體液、動植物組織、培養(yǎng)細(xì)胞、細(xì)菌等,以及疑難樣品如:土壤、糞便、毛發(fā)、FFPE、唾液、法檢痕量樣品中,自動化快速提取高產(chǎn)量、高質(zhì)量、高完整度的DNA、RNA樣品。在 KingFisher Flex 系統(tǒng)上利用磁珠純化方法提取的核酸樣品可以直接進(jìn)行核酸定量、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀檢測、測序、芯片檢測等下游實(shí)驗(yàn),無需再純化。從樣品到純化產(chǎn)品,只需15-45分鐘(根據(jù)樣本類型和試劑盒程序略有不同),并且可與其它儀器(包含第三方儀器)整合,提供無限擴(kuò)展空間和真正意義的實(shí)驗(yàn)室自動化。

圖3 磁珠核心結(jié)構(gòu)。KingFisher系列產(chǎn)品可以幫助科技工作者從復(fù)雜的各種類型的原始樣品中,精確提取所需要的目的分子或細(xì)胞。
值得注意的是,KingFisher磁珠純化儀所能做的事情絕不僅限于核酸提取,應(yīng)用不同包被物包被的磁珠,可以從復(fù)雜的樣品中提取高純度的NDA、RNA、蛋白、抗體、細(xì)菌、細(xì)胞等(圖3)。也可以根據(jù)不同的用戶需要,在磁珠表面標(biāo)記所需要的誘餌分子,從復(fù)雜的樣品中釣取所需的單一目的分子或細(xì)胞。
Thermo Scientific KingFisher系列磁珠自動純化儀
目前,KingFisher磁珠自動純化系列產(chǎn)品主要擁有15個(gè)樣品通量的“KingFisher mL”;24個(gè)樣品通量的“KingFisher”;和兼容24/96個(gè)樣品通量的“KingFisher Flex”,可以滿足不同樣品數(shù)量用戶的樣品處理需求(圖4)。KingFisher系列產(chǎn)品可以在15-45分鐘內(nèi)完成多達(dá)96個(gè)樣品的平行純化處理,在高通量的基礎(chǔ)上保證樣品純度和檢測靈敏度。

圖4 KingFisher系列產(chǎn)品成員
KingFisher磁珠純化儀作為一種新型的純化方案,已經(jīng)成為一種科研以及應(yīng)用趨勢,逐步取代以往的柱法提取,目前已風(fēng)靡歐美。至今在中國市場,KingFisher純化儀也已經(jīng)被各地高校、研究所、各科研機(jī)構(gòu)、大批量種子檢測、疫病監(jiān)控、流行病控制、血液初篩、血庫建庫、高通量基因測序等機(jī)關(guān)、部門、企業(yè)廣泛采納,逐步成為核酸提取的主流應(yīng)用方法。
應(yīng)用實(shí)例
1、KingFisher的磁珠回收率:KingFisher 96 DW Plate板型與加熱塊匹配嵌合的獨(dú)特設(shè)計(jì)也保證加熱的最大效率。如果用其它型號的96孔板,熱塊會抬升板底高度,從而影響混勻操作甚至造成儀器不穩(wěn)定性。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明96 DW Plate的磁珠回收率比其他96孔板的回收率更高。使用96 DW Plate進(jìn)行磁珠孔到孔的水平轉(zhuǎn)移,其回收率高達(dá)99.4%(圖 5)。

圖5 KingFisher 96 DW Plate與其它型號96-well Plate對比。上圖:KingFisher 96 DW Plate (a) 與加熱塊的吻合,b. c. d.為其它型號的96-well Plate;下圖:磁珠回收率對比,KingFisher 96 DW Plate回收率大于99.4%。
2、血液DNA提取:用ThermoFisher Scientific “KingFisher Blood DNA Kit”從多至3-8 ml全血中提取DNA。產(chǎn)物回收率、純度、完整度均達(dá)到高水平(圖 6)。全過程約45-60分鐘。
圖6 從3 ml全血中提取DNA。左圖:24個(gè)樣品的產(chǎn)量和OD260/280;右圖:8個(gè)重復(fù)樣品的提取均一性。(KingFisher Flex 24 DW Plate提取)
3、動物組織DNA提取:應(yīng)用OMEGA MagSi Tissue DNA Kit,實(shí)驗(yàn)者可以方便的從10 mg動物組織中提取樣品DNA(圖 7)。樣品預(yù)處理后在KingFisher上的運(yùn)行時(shí)間大約30 分鐘。

圖7 從10 mg動物組織樣品中提取DNA和定量PCR分析。
4、植物組織RNA提取:應(yīng)用OMEGA MagSi Plant RNA Kit,實(shí)驗(yàn)者可以在60分鐘內(nèi),從50 mg植物組織中,一次純化96個(gè)平行樣品(圖 8)。

圖8 從50 mg植物組織中提取總RNA。(KingFisher Flex 96 DW Plate提取)
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