飛一般的DNA甲基化檢測[新品推薦]
【字體: 大 中 小 】 時間:2011年04月27日 來源:生物通
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默克密理博公司近日推出一款極速重亞硫酸鹽處理試劑盒(CpGenome™ Turbo Bisulfite Modification Kit),讓你體驗(yàn)極為快速的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。此款試劑盒不僅能提高實(shí)驗(yàn)速度,還能保證檢測的靈敏度和轉(zhuǎn)化效果。
近年來,表觀遺傳學(xué)逐漸成為生命科學(xué)研究中的熱點(diǎn),而DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)中的重要組成部分,研究熱度也持續(xù)升溫。DNA甲基化是最早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。它參與了動物胚胎發(fā)育、遺傳印跡和X染色體失活等過程,在基因表達(dá)的調(diào)控中具有重要作用,異常的DNA甲基化則可導(dǎo)致腫瘤等多種疾病的形成。
隨著對DNA甲基化研究的不斷深入,各種各樣的DNA甲基化檢測方法被開發(fā)出來,以滿足不同類型研究的要求。這些方法包括甲基化敏感的限制性內(nèi)切酶、基因組DNA測序、甲基化特異PCR等等。對于后兩種方法,研究的第一步就是開展重亞硫酸鹽(bisulfite)處理。重亞硫酸鹽將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化成尿嘧啶,于是能區(qū)分出甲基化位點(diǎn),再結(jié)合測序或PCR等方法來檢測。
俗話說,好的開始是成功的一半,重亞硫酸鹽處理這一步對實(shí)驗(yàn)的成敗至關(guān)重要。然而,經(jīng)典的重亞硫酸鹽處理方法存在諸多缺陷。操作相當(dāng)繁瑣,耗時又費(fèi)力。至于轉(zhuǎn)化效率,就更難把握,有些轉(zhuǎn)化不完全,直接造成假陽性結(jié)果,有些則會出現(xiàn)過度轉(zhuǎn)化,影響檢測的靈敏度,經(jīng)常是忙了半天卻沒結(jié)果。
為此,默克密理博公司近日推出一款極速重亞硫酸鹽處理試劑盒(CpGenome™ Turbo Bisulfite Modification Kit),讓你體驗(yàn)極為快速的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。此款試劑盒不僅能提高實(shí)驗(yàn)速度,還能保證檢測的靈敏度和轉(zhuǎn)化效果。
體驗(yàn)極速轉(zhuǎn)化
使用這一款極速重亞硫酸鹽處理試劑盒,從DNA樣品處理到轉(zhuǎn)化后的高純DNA只需90分鐘,而傳統(tǒng)的重亞硫酸鹽處理需要18個小時,市場上其他試劑盒也大概需要6個小時。為何如此之快?默克密理博的秘密就是他們的一款受專利保護(hù)的處理試劑,能在很短時間內(nèi)將未甲基化的胞嘧啶徹底轉(zhuǎn)化。同時這種試劑對DNA的傷害又極小,不像通常的高鹽、高溫以及低pH等極端條件會導(dǎo)致DNA高度片段化。至于這種處理試劑的成分,我們當(dāng)然無從得知,只知道它是由兩種試劑混合而成。有了它,轉(zhuǎn)化即可在40分鐘內(nèi)完成,耗時僅為其他方法的1/10。
速度與效果、靈敏度并存
也許你又有點(diǎn)擔(dān)心轉(zhuǎn)化的效果,快是快了,但會不會轉(zhuǎn)化不完全呢?其實(shí),這款試劑盒的修飾轉(zhuǎn)化效率高達(dá)99.9%。不信,請看圖1。1 ng基因組DNA用極速重亞硫酸鹽處理試劑盒處理后,再用CpG Wiz® MGMT引物對進(jìn)行定量PCR。結(jié)果顯示,極速重亞硫酸鹽處理試劑盒在更短的時間內(nèi)達(dá)到與其他同類商業(yè)化產(chǎn)品一樣的結(jié)果。


圖1. 出色的效果,雙倍的速度。1 ng基因組DNA分別用極速重亞硫酸鹽處理試劑盒和Z品牌的試劑盒處理后,再用CpG Wiz® MGMT引物對進(jìn)行定量PCR。極速重亞硫酸鹽處理試劑盒的時間是Z品牌試劑盒消耗時間的一半。而兩者效果則相近。
避免過度轉(zhuǎn)化
有時,過度轉(zhuǎn)化也是一個大問題。不過,極速重亞硫酸鹽處理試劑盒可有一雙雪亮的眼睛,只會徹底轉(zhuǎn)化非甲基化的胞嘧啶,而絲毫不會轉(zhuǎn)化甲基化的胞嘧啶!研究人員做過實(shí)驗(yàn),用極速重亞硫酸鹽處理試劑盒處理甲基化DNA(藍(lán)字)和非甲基化DNA(綠字),然后用CpG Wiz® MGMT引物對進(jìn)行測序。結(jié)果顯示,在所有檢測的樣本中,極速重亞硫酸鹽處理試劑盒僅特異地徹底地轉(zhuǎn)化了非甲基化胞嘧啶,而完全沒有轉(zhuǎn)化甲基化胞嘧啶(圖2)。這個特點(diǎn)最大限度地維護(hù)了我們實(shí)驗(yàn)結(jié)果的真實(shí)性和準(zhǔn)確性。

圖2. 無過度轉(zhuǎn)化。
表現(xiàn)始終如一
無論是1 ng DNA,還是1 μg DNA樣品,極速重亞硫酸鹽處理試劑盒都一視同仁,產(chǎn)生靈敏且可靠的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化結(jié)果。不同量的甲基化DNA用極速重亞硫酸鹽處理試劑盒處理后,用50 μl(1 μg和100 ng樣品)或25 μl(10 ng和1 ng樣品)洗脫液洗脫后,用CpG Wiz MGMT甲基化引物對進(jìn)行定量PCR,然后比較轉(zhuǎn)化結(jié)果。如圖3所示,從1 ng到1 μg DNA樣品均有可靠的轉(zhuǎn)化結(jié)果。

圖3. 從1 ng到1 μg DNA樣品均有靈敏且可靠的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化結(jié)果。
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針對上游的甲基化DNA富集,默克密理博還推出了配套使用的甲基化DNA富集試劑盒(CpG MethylQuest™ DNA Isolation Kit),能簡單、高效、快速地富集甲基化DNA。它采用GST-MBD2b蛋白預(yù)包被的磁珠來富集甲基化DNA,簡單又快速,只需2小時即可完成。CpG MethylQuest MBD蛋白特異性結(jié)合甲基化DNA,而不與非甲基化或半甲基化DNA結(jié)合,保證了結(jié)果的特異性。
此外,默克密理博還提供豐富的表觀遺傳學(xué)研究工具,包括染色質(zhì)免疫沉淀ChIP試劑盒、RNA免疫沉淀RIP試劑盒、端粒酶檢測試劑盒和多種表觀遺傳學(xué)抗體等,為大家提供了表觀遺傳學(xué)的整體解決方案。如果你有表觀遺傳學(xué)方面的任何問題,歡迎登陸生物通和默克密理博共同打造的表觀遺傳學(xué)論壇。那里潛伏著很多高手,為你解惑答疑,也有豐富的資源,供你學(xué)習(xí)下載。
關(guān)于默克密理博(Merck Millipore)
推進(jìn)21世紀(jì)生命科學(xué)的發(fā)展是默克與密理博共同的目標(biāo)和承諾。 2010年7月15日默克集團(tuán)成功并購密理博公司,成立了一個新的默克密理博部門,為全球生命科學(xué)用戶提供完整的產(chǎn)品線和強(qiáng)大的創(chuàng)新能力,共同打造生命科學(xué)行業(yè)內(nèi)的一個世界級的合作伙伴。默克密理博的研發(fā)能力和投資也將躍居該行業(yè)的前三位,將更有實(shí)力研發(fā)更多創(chuàng)新產(chǎn)品。
新成立的默克密理博部門將繼續(xù)為“推動生命科學(xué)的發(fā)展”而努力。由于兩個公司原來的產(chǎn)品線僅有小部分重疊,合并后的公司將擁有更寬廣的產(chǎn)品線和專業(yè)技術(shù),能為全球的生物科學(xué)和生物制藥用戶提供更全面,更專業(yè)的產(chǎn)品和解決方案。新的部門將有3個業(yè)務(wù)部門組成:實(shí)驗(yàn)室解決方案部(包含實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ),實(shí)驗(yàn)室純水和生物監(jiān)測等業(yè)務(wù)組),生物科學(xué)部(包含生命科學(xué)和研發(fā)解決方案業(yè)務(wù)組)和過程方案部 (生物醫(yī)藥過程業(yè)務(wù)組和醫(yī)藥化學(xué)業(yè)務(wù)組)
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