這個夏天，德國爆發了嚴重的大腸桿菌疫情，3500人感染，50人死亡。全世界多個研究小組迅速調動他們的實驗室，對這種細菌基因組進行測序和分析，在幾天之內找到有效的治療方案。馬里蘭大學醫學院的David Rasko正是其中的一位，他與來自丹麥國立血清研究所的小組合作，對細菌進行測序，并研究了此次爆發的流行病學。在本周舉行的美國分子病理學會年會上，Rasko談了他的經驗，他認為全基因組測序能在快速響應疾病爆發上占據一席之地。

Rasko談到，來自華大基因、德國哥廷根大學、美國/丹麥小組的研究人員及其他都利用了不同的技術對細菌進行測序，而每一種技術都有其自身的優勢。利用Life Technologies的Ion Torrent個人型操作基因組測序儀（PGM），德國和中國的研究人員能夠在3小時內測序，并在5天內開發出診斷檢測。隨后研究小組發布了多名研究人員分析出的原始數據。

Rasko的小組則利用Pacfic Biosciences的技術來對細菌測序。盡管PacBio的儀器耗時略長，但Rasko表示他的研究小組產生了更長的讀取。由于所有技術和快速分析是由專家完成的，所以研究小組能夠將此次爆發菌株的基因組與其他大腸桿菌菌株進行比較，構建了一個系統發育樹，并確定此菌株（O104:H4）是從未出現過的，攜帶了志賀氏毒素。

功能基因組學分析告訴研究人員，就像平時細菌感染一樣使用環丙沙星進行治療，會使病人感覺更糟，這正是因為志賀氏毒素。而比較基因組學分析表明，爆發菌株中存在的一個質粒賦予了它耐藥性的基因。Rasko認為，所有這些表明全基因測序及隨后的基因組學分析可協助醫生更及時、徹底、高效地對付疾病爆發。（生物通編譯）

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