Arraystar 表觀轉錄組芯片
定量檢測表觀轉錄修飾
RNA轉錄后修飾，比如m6A, m1A, m5C, 和假尿嘧啶（Ψ）修飾，共同組成了表觀轉錄組，是一種新層次的基因表達調控方式。m6A是mRNA和lncRNA上含量最豐富的修飾，在轉錄后各個水平影響mRNA/lncRNA 的代謝和功能 [1]。此外，m6A還參與了其它ncRNA的功能，例如，調控circRNA非帽子依賴的翻譯起始[2]和pri-miRNA的成熟過程[3]。
RNA修飾的潛在功能不僅取決于其所修飾的是何種基因轉錄本，同時也取決于被修飾部分在該轉錄本中所占的百分比。然而，目前大部分轉錄組水平的RNA修飾檢測方法（如MeRIP測序）著重于尋找轉錄本上的修飾位點，不能夠定量地檢測被修飾轉錄本的百分比。這一類定量信息的缺乏已引起越來越多科研工作者的關注[1,4]。
Arraystar表觀轉錄組芯片結合雙色熒光芯片標記系統和RNA修飾免疫共沉淀技術，對每個RNA轉錄本異構體的修飾百分比進行定量，對于MeRIP-seq很難檢測到的 RNA類型（比如lncRNA和circRNA），芯片也具有良好的靈敏度和精確性。
• Arraystar mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片: 適用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA 和 snRNA
• Arraystar circRNA 表觀轉錄組學芯片: 適用于circular RNA
MeRIP測序 vs. Arraystar表觀轉錄組芯片
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MeRIP測序 |
Arraystar表觀轉錄組芯片 |
應用 |
· 定位修飾位點
· 無法定量每種轉錄本中發生表觀修飾的轉錄本的占比 |
采用雙色熒光芯片標記系統，準確檢測每種轉錄本中發生表觀修飾的轉錄本的占比 |
修飾百分比 |
No |
Yes |
RNA種類 |
Poly( A+) mRNA |
mRNA, lncRNA, circRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, snRNA |
轉錄本特異性 |
無 |
良好 |
RNA 樣本 |
細胞系，大量組織 |
細胞系，組織，少量或降解樣本（石蠟包埋樣本、血清、血漿） |
RNA 量 |
≥ 120 μg 總 RNA |
≥ 1μg 總RNA |
分離mRNA或去除rRNA |
需要 |
不需要 |
RNA完整性 |
需要 |
不需要 |
Arraystar 表觀轉錄組芯片特點
定量檢測修飾百分比
Arraystar表觀轉錄組芯片能夠在同一個芯片中通過雙色通道的方法檢測每個轉錄本修飾亞群和非修飾亞群的百分比（右圖），同時對何種轉錄本發生修飾和不同條件下轉錄本的修飾差異進行鑒定。
轉錄本特異性檢測
傳統MeRIP-seq，因測序深度覆蓋要求、短reads組裝和定量不精確，難以在轉錄本特異性水平進行定量。而Arraystar表觀轉錄組芯片使用外顯子和跨剪接位點特異性探針，確保了每個轉錄本異構體修飾水平檢測的可信度與精確性，提供了更深層次的表觀轉錄組學信息。
低至1ug的RNA要求量
目前MeRIP-seq需要大量的總RNA（≥120ug），而Arraystar表觀轉錄組芯片總RNA起始量低至1ug，適用于很多取材有限的生物學樣本，為更多的課題研究提供了機會。 |
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圖釋：Arraystar表觀轉錄組芯片可以在同一張芯片上使用Cy5檢測免疫共沉淀的修飾RNA，用Cy3檢測上清中的非修飾RNA，從而檢測每一個轉錄本中修飾和非修飾的百分比。 |
Arraystar 表觀轉錄組芯片列表
| Arraystar表觀轉錄組芯片 |
規格 |
產品內容 |
Human mRNA&lncRNA 表觀轉錄組芯片(m6A) |
8×60K |
44,122 mRNAs; 12,496 lncRNAs; 3,813 Mid-size ncRNAs |
Mouse mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片(m6A) |
8×60K |
48,161 mRNAs; 8,393lncRNAs; 4,087 Mid-size ncRNAs |
Rat mRNA&lncRNA 表觀轉錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
27,770 mRNAs; 10,582 lncRNAs; 2,505 Mid-size ncRNAs |
Human circRNA 表觀轉錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
13,617 circular RNAs |
Mouse circRNA 表觀轉錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
14,236 circular RNAs |
Rat circRNA 表觀轉錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
14,145 circular RNAs |
康成生物獨家提供技術服務
康成生物國內獨家提供Arraystar表觀轉錄組芯片全程一站式技術服務；目前，國內客戶使用康成生物技術服務發表的研究文章已突破560篇，其中多篇發表在國際頂尖雜志Cancer Cell, Molecular Cell, Hepatology等上。
參考文獻
[1] Gilbert W.V. et al. (2016) Science [PMID: 27313037]
[2] Yang Y. et al. (2017) Cell Res. [PMID: 28281539]
[3] Alarcón C.R. et al. (2015) Cell [PMID: 26321680]
[4] Lewis C.J. et al. (2017) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [PMID: 28144031]
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